广西农业职业技术学院由创办于1942年的南宁高级农业职业学校发展而成，成长过程校名经历了南宁高级农业职业学校、广西革大农林水利专修科、南宁农业学校、广西农业专科学校、广西农业学校、南宁地区农业学校、广西农业学校、广西农业职业技术学院等变化，现在是广西壮族自治区直属的一所以农类专业为主的公办高等职业院校。2002年8月经自治区人民政府批准，重点中专广西农业学校升格为广西农业职业技术学院，2007年7月被批准为副厅级建制的自治区直属高校，2011年1月被广西壮族自治区教育厅、财政厅认定为"广西壮族自治区示范性高等职业院校"，2013年6月被广西壮族自治区教育厅确定为"广西特色高校建设项目立项建设高校"。

根据《教育部关于同意广西大学行健文理学院转设为广西农业职业技术大学的函》（教发函〔2021〕74号），教育部同意整合广西大学行健文理学院、广西农业职业技术学院办学资源，设置广西农业职业技术大学，学校标识码为4145016205；同时撤销广西大学行健文理学院、广西农业职业技术学院的建制。