清光绪二十一年(1895)，孙中山在广州发动第一次反清武装起义，黄耀庭从新安县沙头组织200人的敢死队赶到广州，可惜起义计划泄露，黄耀庭被迫逃到香港其父亲家里避难。光绪二十五年(1899)，英国占领香港、九龙后强行“租借”新界，遭到新界邓、廖、侯、彭、文五大姓氏家族的联合抗击。不久，英军又占领深圳河北岸，企图霸占布吉、深圳墟及沙头大片土地，掠夺资源，袭扰百姓。黄耀庭对侵略者的行径，非常气愤。他发现英军经常开着汽艇在深圳河红树林一带耀威扬威，决定给予一击。一天黄昏，英军十来艘小汽艇向红树林开来。黄耀庭立即带领乡亲们在红树林用“抛石机”打击英军—即利用竹片的弹力，绑着石头漫天弹砸向英军。英军猝不及防，受伤过半。有的正想抵抗，又被埋伏在红树林中的村民用大刀砍倒。这一仗，黄耀庭他们大获全胜。英军处处受到深圳河沿岸人民的打击，在深圳河北岸站不住脚，加上在清政府坚决要求下，是年11月13日只得撤离深圳。

光绪二十六年（1900）初，黄耀庭跟随孙中山往来于南洋、日本、香港间，并在香港青山墟设立联络点，积极筹备三洲田起义。三洲田座落在新安、归善(今惠州)两县交界的崇山峻岭之中，地势险要，是三合会、洪门等帮会活动的重要据点之一。根据孙中山两次在香港停靠公海船上的秘密策动起义的会议决定，任命郑士良(惠阳县人)为起义军司令，黄耀庭为副总司令兼右路先锋官，左中两路先锋官分别由黄福(副总司令兼、龙华早禾坑村人)和江恭喜(新安沙井步涌村人)担任。光绪二十六年（1900）10月6日(庚子年闰八月十三日)，兴中会惠州革命军在三洲田马峦村设坛祭旗，誓师起义。起义军全部用红布缠头、红带缠腰，身挂大红绣球，裤腰插支小红旗，既为暗号，又颇显神气。勇士们在打着“孙”“郑”的旌旗下举行烧猪和欤鸡血祭旗仪式，高呼：“剑起灭匈奴，同申九世仇，汉人连处立，即日复神州！”和“跟孙中山要跟到底！”等口号，宣告起义。按计划，义军由黄耀庭率右路进攻惠州、汕头等沿海城市，然后向厦门挺进；如顺利，和长江流域的青红帮、哥老会等反清组织会合，直取中原。由黄福统率的左路先锋，攻打深圳、新安、东莞县，直取广州。10月8日，革命军在深圳沙湾兰花庙突袭清军获大胜，打响了推翻满清封建王朝的第一枪。武装起义持续了一个多月，打至惠东三多祝镇，义军发展至5万人，但在清军疯狂镇压下，加上起义部队从海外购买的一批枪弹被骗，成为一堆废铁，义军终因寡不敌众而失败。

三洲田起义失败后，黄耀庭带领部分将士退往香港，后又避居新加坡，与黄远香等悬壶行医，继续奔走革命。在新加坡、吉隆坡期间创设“中和堂”，作为坚持反清斗争的据点。光绪三十一年（1905），孙中山在日本成立同盟会后，又去南洋。黄耀庭前往迎接，并商请在新加坡设同盟会分会事宜。当年，黄耀庭、楚楠、林义顺等十二人，在孙中山的见证下，以新加坡晚晴园为会所，成立同盟分会，联络、组织和发动南洋的华人，广泛开展反清斗争。光绪三十三年（1907），黄耀庭奉孙中山之命，前往香港筹划潮州黄冈起义。因在香港活动时被警吏发现跟踪，不得巳终止了这次行动。

1911年辛亥革命成功后，孙中山先生曾请黄耀庭出来做官。黄耀庭婉辞不就，回到家乡沙头东头村定居。黄耀庭为人正直、仗义。民国二年（1913），因看不惯时任新安县县太爷刘少华贪污腐化，并且在大庭广众之下侮辱妇女的行为，他请来一名广西武师，狠狠教训了刘少华一顿。刘少华怀恨在心，趁黄耀庭生病时，暗使人下药。黄耀庭被毒死时，年仅50岁。