杨宗寺至今有2600多年的历史，它与青海尖扎县的阿琼南宗、兴海县的知嘎尔贝宗、平安县的夏哇日宗齐名。为“安多四宗”之一，是历史上藏传佛教僧人静修的出名地方。据《安多政教史》等史籍记载，吐蕃赞普朗达玛是一个十分蛮狠的禁佛者，当时，西藏著名僧人藏·饶赛、尤·格琼、 玛尔·释加牟尼三人徒步行走几千里路，辗转来到青海乐都中坝藏族乡的普拉央宗寺躲灾修行。后来，朗达玛禁佛的行为遭到藏区人民的强烈反对，而由于慑于郎达玛的地位，下等的人民都敢怒不敢言，武将出身的拉龙·华吉多杰为了藏区人民的佛教信仰自由，暗杀了郎达玛后，也逃到普拉央宗躲灾修行。由于藏·饶·赛、尤·格琼、玛尔·释加牟尼三僧挽救了佛教，使佛教历经危难之后，又从青海藏区传到西藏，出现了蓬勃发展的后宏期。而普拉央宗为拯救三位僧人，并保护了拉龙.华吉多杰，为藏传佛教做出了重大贡献，因而名扬藏区，为藏、蒙、土人民所崇敬。在藏传佛教后宏期，央宗寺名噪一时，成为在青海、甘肃、西藏、西康、云南、内蒙古等地广大藏族、土族、蒙古族群众朝拜、向往的佛教圣地。

央宗寺在明代万历年间成为乐都曲坛寺、药草台寺僧人闭关静修的主要静房。在清光绪年间建成无量佛殿9间，到全盛时期，仅修行洞多达30多处，僧过半百。但在“文革”中，寺内经堂、佛殿、僧舍、禅房、佛塔、桑墩、佛像、经典等全部被毁。直到1984年才开始了央宗寺的重建工作，到1995年，建成僧舍4间，一转三结构经堂三间、单数腰规格的小经堂一座、一转三式弥勒佛殿一座、佛塔一座等，并塑有佛像。后来由于民族宗教信仰政策的逐步开放，杨宗寺香火日益殷盛，但由于交通不便，使杨宗寺几度兴衰。