明清两代,北京药王庙最著名的有四座,最大的是南药王庙,建于明末,相传为武靖侯李诚铭出资为大太监魏忠贤建的生祠。药王庙鼎盛时期占地二百多亩,有庙房近二百间。西部是寺庙,山门门额镌刻“敕封药王庙”,包括药王殿、配殿、玉皇殿、三清殿。东部主要为道教建筑,包括吕祖殿、文昌殿、真武殿、戏楼、药王寝宫、配殿等,建筑考究,庙内青石为基,青砖砌墙,磨砖对缝,雕梁画栋,雄伟庄重,供奉伏羲、神农、黄帝、孙思邈、韦慈藏,还有“三皇治世”以来的诸代名医。药王庙旧址现改建为北京市第十一中学,东部建筑多已拆除,西部除山门以外主要大殿及配殿至今尚保存完整。
药王庙药王殿中供奉伏羲、神农、黄帝塑像及药圣孙思邈、药王韦慈藏,大殿两侧分别站立十大名医,东配殿供马王爷和龙王爷,西配殿供月下老人;玉皇,供奉玉皇大帝,东站立四大天王,西列兵器,东配殿供斗母娘娘,西配殿供奉九位圣母(天仙圣母水佑碧霞元君、眼光圣母惠照明目元君、子孙圣母育德广嗣元君、痘疹圣母立毓隐形元君、斑疹圣母保佑和慈元君、送生圣母锡庆保产元君、催生圣母顺度保幼元君、乳母圣母哺婴养幼元君、引蒙圣母通颖导幼元君);三清殿,正中供奉玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清太上老君,两侧分别供着道教所信奉的其他十几位天神。三清殿两侧设有配殿,院内东、西两边立着30余座石碑,碑文分别为修建各大殿时知名人士的题词和题记。在三清殿正西,并排而立的还有一座二层小楼,楼下是关公殿,楼上为唐明皇殿。
旧时南药王庙每逢初一、十五两日有庙会。在明末清初时,药王庙香火极盛,元旦、除夕彻夜不断,而以每年的农历四月二十八日最为热闹。这一日是药王诞辰日,从四月中旬开始,进香拜神者就蜂拥而至,有的甚至挤不进庙门,于是药王庙就在庙外神路街设香池数处,供香客们焚香遥拜。