1989年，在宾夕法尼亚大学期间，曾获得Shenck-Woodman欧洲旅行奖。
1991年，从宾夕法尼亚大学毕业后，先后在费城Ballinger及纽约KPF任设计师、高级设计师，成为这两个建筑事务所的主要设计力量。
1995年，在纽约成立马达思班建筑师事务所。
1997年，被Rem Koolhaas推荐参加在法国蓬皮杜艺术中心举办的题为"新世纪建筑的趋势"的演讨及展览会，成为21位世界范围内选择出的青年建筑师中唯一的中国人。
2001年3月，在接待国际奥委会评估团对北京申办2008年奥运会评估考察工作中，陈述了北京的城市发展原则、奥运村规划等，为北京申奥成功做出了积极的贡献。
2003年，与库哈斯合作北京央视大厦和北京CBD核心区，对北京CBD核心区的规划发展提出了自己的见解。
2006年12月，就职美国南加州大学建筑学院院长，这是南加大第一次聘请非美国籍人士担任这一职位。
2018年，在平谷区发起了梯子峪村整村运营项目，创造“桃花坞PeachGrove”，以区域特色产业平谷大桃为切入点，通过推进“大桃种植+桃酒酿造+乡村文旅”一二三产业的输出，改善乡居村容村貌，促进村民就业增收，推动乡村文化复兴。
2021年9月，田园创客实验室首个实体“明热炉膛”正式落成，结合田园生态与人文科技，打造了一处聚合乡村美景和创新意识的青年社区。
父亲的宅、井宇、鞍子园、天一广场、三里屯SOHO、上海恒隆广场、桃花坞、西安国际文化传播中心、金湾启城、嘉定图书馆、青浦图书馆、万科VMO等
马清运对于建筑学科的贡献不仅体现在建筑的设计与建造，在相关的教育领域同样起到了引领的作用。马清运担任南加州大学建筑学院院长期间，积极推动建筑教育的发展，为培养优秀的建筑人才做出了贡献。同时，他也经常在国内外的高校担任客座教授，传授自己的建筑理念和经验，对建筑行业内的学术交流起到了推动作用。他参与各种文化活动和综艺节目，向大众普及建筑知识和文化，让更多的人了解和关注建筑行业，为建筑行业的发展营造了良好的社会氛围。不仅是教育，马清运也用他的建筑为中国乡村振兴道路贡献了力量。在家乡蓝田，他通过建设《父亲的宅》和玉川酒庄等项目，不仅为家乡带来了独特的建筑景观，还带动了当地的经济发展和文化传承，为乡村振兴提供了一种新的思路和模式。
1991年，获得Frank-Miles Day荣誉毕。
2010年，被美国《商业周刊》评为全球“最具影响力的设计师”。
2021年，凭借桃花坞田园社区项目获得“首届国际休闲生活方式案例奖”金奖。
2022年，获得“GENTLE GALA先生之夜”年度先生称号。
马清运是中国的世界级建筑师，拥有全球视野。我们很快发现他是最合适的人选，他能带领学校走向世界。（迈克尔·杰克逊 评）
国内大部分建筑师还只是沉溺于个人项目，而马清运却拥有国际建筑界共同的话题，并且可以很好地与他们广泛沟通，就连国际建筑大师进军中国也只有依靠他们才能表达自己。（同济大学建筑学院院长吴志强 评）
马清运是全球“最具影响力的设计师”。（美国《商业周刊》 评）
中国当代十大建筑大师 NO.11
男性名人
女性名人
