北京市第三十九中学是西城区的百年学校，学校前身是北平私立耕莘中学和光华女子中学，两校分别由1784年天主教会创办的天使修院及1904年天主教修女会开办的若瑟小学发展而成。1949年建国后陆续脱离教会，1952年北京市政府正式接管、合并两校，命名为北京市第三十九中学。

悠久的办学历史和优秀的教育传统，让三十九中学保持着不断发展的动力。学校谨记“团结、奋进、求实、创新”的校训，严谨办学、规范治校、求真务实，学校教育教学质量不断提升，教师、学生在全国、市、区各类比赛中频频获奖，一批批优秀毕业生从这里走向社会、步入国际。

学校主体建筑面积18000平方米，拥有各学科实验室、计算机房、多媒体专用教室、图书馆、阅览室、多功能厅、观摩教室等功能教室，形体健身房、乒乓球馆、体育馆、游泳馆等体育设施，为师生在校开展丰富多彩的学科活动和体育锻炼提供了充分的场所。

学校设有国际部，拥有外籍学生公寓楼，招收世界各地的留学生在校学习。学校是“中国青少年素质教育研究实践基地”、“北京市西城区心理教育特色校”、“涉台教育试点校”、“教学管理达标校”、“北京市西城区联合国教科文组织可持续发展实验校”。

截止2019年，学校有专任教师70人，高中34人，初中36人，高级职称教师约占40%，学校吸收了一大批具有较强专业知识的青年教师来校任教，他们都具有本科或研究生学历，英语均达到国家四级获四级以上（高至八级）水平，并能熟练的运用计算机、多媒体等现代化手段辅助教学。在学校德师工程、优师工程、名师工程、惠师工程的引导下，一批优秀青年骨干教师成长起来，各学科均具有区校两级学科带头人，在教学领域发挥着重要作用。

学校要求每位教师树立“三全”思想，坚持面向全体学生，对学生全面发展的全过程负责，校长反复强调“作为以发展人为主要目的的教育，教育者必须具有立足‘以人为本’的思想观念，明确自己的任务和职责，做到有教无类。在重视学生全面发展的同时还要重视发展学生的个性，从‘人无全才，人各有才’的认识出发，了解并掌握学生的个性特长，努力做到因材施教”。对外国学生班，采用小班授课（15人以下），分层次授课，和“一对一”的导师辅导，一切从学生的实际出发，满足学生个体发展的需要。