1979年9月至1984年8月，高长青本科就读于包头医学院临床医学专业。
1988年7月至1991年3月，高长青在包头医学院第二附属医院胸外科工作。
1991年3月至1995年11月，高长青博士就读于墨西哥国立自治大学心血管外科专业。
1996年9月至2013年12月，高长青先后任中国人民解放军总医院外科临床部心血管外科副主任医师，科室副主任、副主任医师，科室主任、主任医师。
2001年7月起，高长青兼任中国人民解放军医学院教授。
2003年5月起，高长青兼任中国人民解放军全军心脏外科研究所所长。
2010年3月至2012年6月，高长青兼任中国人民解放军总医院医务部主任。
2012年2月起，高长青兼任中华人民共和国卫生部机器人心脏手术培训基地主任。
2012年6月起，高长青任中国人民解放军总医院副院长兼心血管病中心主任。
2013年9月起，高长青兼任中国国家级机器人微创心血管外科国际联合研究中心主任。
2015年12月7日，高长青被增选为中国工程院院士。
2015年12月15日，高长青当选为法国医学科学院外籍院士。
2019年1月8日，高长青在北京逝世，享年59岁。
截至2010年12月，高长青先后被中国人民解放军总后勤部评为“科技新星”、“科技银星”，中国人民解放军总后勤部“优秀地方大学生干部”和中国人民解放军全军“优秀地方大学生干部”，入选“中国十大科技英才”和“中国十大创新英才”，多次荣立中国人民解放军“二等功”、“三等功”。
2010年，高长青获中国人民解放军全军干部保健工作特殊贡献奖。
2013年，高长青获何梁何利基金科学与技术进步奖。
2015年12月7日，高长青被增选为中国工程院院士。
据2019年1月中国工程院官网所示，高长青曾先后获“求是杰出青年工程奖”，“军队杰出专业技术人才奖”。
中国医师协会心血管外科分会会长。
法国国家外科学院（L'Academie Nationale de Chirurgie） 院士。
国际胸心微创学会(ISMICS) 常委。
亚洲胸心血管外科学会（ATCSA） 常委。
中华医学会胸心血管外科学分会副主任委员。
全军胸心血管外科专业委员会主任委员。
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