1953年7月，复旦大学毕业后，分配到武汉大学化学系担任助教。
1957—1959年，去天津南开大学进修，在前苏联专家指导下进行有机硅化学研究。
1960年，卓仁禧在武汉大学化学系被提升为讲师。1978年提升为副教授。1982年提升为教授。其间，成功研制出长链烷基三烷氧基硅烷作为光学玻璃防雾剂，应用于多种光学玻璃器件作为保护涂层。
1983年—1984年，卓仁禧赴美国耶鲁大学做访问学者，从事生物活性化合物研究。开始系统地研究生物可降解高分子的合成、表征及其在生物医学领域的应用。
1984年，卓仁禧加入中国共产党。相继任武汉大学教育部生物医学高分子材料开放实验室主任。这段时间，他在生物医学高分子材料研究和高分子材料作为基因转移载体的研究方面取得成功。曾获国家科技发明奖三等奖。
1997年，卓仁禧当选为中国科学院院士。
2000年， 当选为国际生物材料联合会会士。
卓仁禧还先后兼任教育部科技委员会委员，中国生物材料委员会副主席，国家自然科学基金委员会学科评审组成员、湖北省高级专家协会副主席等职务。还担任《高分子学报》、《离子交换与吸附》和《Chinese Journal of Reactive Polymers》、《Chinese Journal of Polymer Science》副主编，《Polymer International》执行编辑，《高等学校化学学报》和《高等学校化学研究》杂志编委等。
晚年的卓仁禧，积极参与学术活动以及省、市和学校有关调研与论证工作，积极开展将科研成果转化为生产力的工作，为地方企业和地方经济建设献计献策。
2019年8月6日15时15分，中国共产党优秀党员、著名化学家、我国生物医用高分子材料重要奠基人之一、中国科学院院士、武汉大学教授、博士生导师卓仁禧先生因病医治无效，在武汉逝世，享年89岁。
个人奖
60年、1987年先后两次获湖北省劳动模范称号。
1983年，获国家科技发明三等奖。
1986年，获“国家级有突出贡献的中青年专家”称号。
1991年，获国家自然科学四等奖。
1995年，获国务院授予“全国先进工作者”称号。
1997年，获中国科学院院士荣誉。
1999年，获国家科技发明三等奖。
2000年，获国际生物材料科学与工程学会会士（ Fellow）荣誉。
成果奖
1978年，“有机硅光学玻璃防雾剂的研制”获国家科学大会奖 。
1978年，“ 彩色录像磁带粘合剂和助剂的研制 ”获国家科学大会奖。
1983年，“长链烷基三甲氧基硅烷的合成方法和用途研究”获国家科技发明奖（三等奖）。
1991年，“生物活性聚合物研究”获 国家教育部科技进步奖（一等奖）。
1991年，“以 5-氟尿嘧啶为中心链节的生物活性高分子研究”获国家自然科学奖（四等奖）。
1996年，“磁共振成像造影剂研究”获中国化学会高分子化学创新论文奖 。
1999年，“若干生物医用高分子研究 ”获国家自然科学奖（三等奖）。
1999年，“生物医学高分子研究”获 国家教育部科技进步奖（一等奖）。
2006年，“用于药物和基因传递的生物医用高分子的基础研究”获湖北省自然科学奖（一等奖）。
国家科技部 973 项目《装载基因材料的分子设计及组织诱导作用和机理》
国家科技部 973 项目《用于基因和抗癌药物控制释放高分子材料的研究》
国家自然科学基金委重点项目《用于分子诊断的功能化肽类树型》
国家自然科学基金委重点项目《医疗植入用可降解高分子材料的研究》
国家自然科学基金委面上项目《器官、组织靶向性磁共振造影剂的研究》
国家教育部博士点基金《生物可降解高分子基因传递系统研究》
