1999年，15岁的尹恩惠被选入女子偶像组合Babyvox，并以组合第三张专辑《come come come》正式出道。
2004年，尹恩惠成为SBS节目《X-MAN》的固定嘉宾。
2005年，完成处女作电影《圣诞出逃记》。
2006年，与朱智勋等主演根据同名漫画改编的水木剧《宫》获MBC大赏“最佳新人演员奖”，还首次挑战乡村清新爱情题材KBS的《葡萄园的那小伙儿》，凭借该剧获得“韩国2006格莱美奖最佳女主角”。
2007年，与孔刘等主演的爱情剧《咖啡王子1号店》，并于次年4月24日，凭该剧获得第44届韩国百想艺术大赏电视最佳女演员。
2009年，她主演的韩国KBS电视台水木连续剧《拜托小姐》开播，尹尚贤、尹恩惠、金素妍凭该剧获得2009年度KBS演技大奖人气奖，和尹尚贤的搭档也让二人摘下最佳荧幕情侣。
2010年，尹恩惠客串韩国电视剧《个人取向》，与李民浩旧情难忘。同年6月成为由香港电影《甜蜜蜜》改编的电视剧《love song》的女主角，但由于同年6月底男主角突然离世，导致制作无限期中断；同年8月与Babyvox的4个姐姐在《金正恩的巧克力》节目中重新登台表演当年的组合名曲。
2011年，尹恩惠以《我的黑色小礼服》再次挑战大荧幕，演绎了韩国二十几岁时尚女性之间的友谊、爱情和生活；同年5月与姜志焕主演韩国SBS电视台电视剧《对我说谎试试》。
2012年，尹恩惠就读于韩国中央大学高科技影像研究生院影像学系；同年9月她以导演身份带着导演处女作《织》入围釜山国际电影节韩国短篇竞赛单元，并受邀担任第十届“亚洲国际短篇电影节”短片形象奖竞赛单元特别评审委员；同年11月凭借与朴有天主演2012MBCTV水木剧《想你》获得2012年度韩国MBC演技大赏中“最佳人气女演员”和“韩流明星奖”。
2013年，出演韩国KBS电视台月火剧《未来的选择》，在剧中尹恩惠多变的造型受到观众的喜爱；同年，获得韩流十周年大赏电视剧女子部门大赏。
2014年，尹恩惠时隔三年重返大荧幕，友情价无片酬出演《许三观卖血记》，原作中“林芬芳”这一角色；同年9月，个人经纪公司THE HOUSE COMPANY正式更名为JarmyEntertainment；同年10月，首届“中韩青年梦享微电影展”在北京拉开帷幕，韩国女星尹恩惠是此次电影展的韩方形象大使；同年11月，尹恩惠做出了首次执导MV的挑战，参与了新人乐队Dear.me的主打歌《一步一步》和收录歌曲《Dear.me》的MV制作；尹恩惠出演中韩合拍电影《思念爱》女一号“恩红”。
2015年，根据余华同名小说《许三观卖血记》改编电影韩国上映，饰演100公斤的农村姑娘；4月下旬，加盟由东方卫视打造的综艺节目《女神的新衣》第二季。8月，首次成为冠军女神。
2016年，加盟中国版《王子咖啡店》。
2020年，与孔刘、李善均、蔡贞安、金东旭、金财昱等主演MBC青春纪录片《咖啡王子1号店》。
王子咖啡店2016 导演姜信孝、金亨植 主演徐璐
未来的选择2013-10-14 饰演罗未来 导演权溪泓 主演李东健、郑容和
想你2012-11-07 饰演李秀妍 导演李才东 主演朴有天、俞承豪
对我说谎试试2011-05-09 饰演孔雅贞 导演金秀龙 主演姜志奂、洪秀贤、赵允熙
个人取向2010-03-31 饰演尹恩秀(客串) 导演孙亨锡 主演李敏镐、孙艺珍、金基石
拜托小姐2009-08-19 饰演江惠娜 导演奉顺英 主演尹尚贤、丁一宇、文彩媛
咖啡王子一号店2007-07-02 饰演高恩灿 导演李润静 主演孔侑、李善均、蔡贞安
葡萄园的那小伙儿2006-07-24 饰演李智贤 导演朴万英 主演吴满锡、金基石、姜恩菲
宫2006-01-11 饰演申彩静 导演黄仁雷 主演朱智勋、金正勋、宋智孝
许三观卖血记2015-01-15 饰演林芬芳 导演何正宇 主演河智苑、河正宇
爱后爱2015 饰演银红 导演于一善 主演朴施厚
我的黑色小礼服2011-03-24 饰演李余敏 导演许仁茂 主演朴寒星、车艺莲、刘仁娜
圣诞出逃记2006-03-30 饰演韩敏珠 导演权南基 主演安在模、郑俊河、玄英
紧急措施19号2002 导演Tae-gyu Kim 主演河莉秀
샐러드 기념일(沙拉纪念日) 2008-09-04
Ride West 2004-04-16
Devotion 2003-04-03
Special Album 2002-04-24
Boyish Story 2001-06-04
Why 2000-05-16
Come Come Come Baby 1999-08-01
爱你 2008 Feat. Mighty Mouth
Salad Song(沙拉纪念日) 2008 Feat.李东健(三星冰箱广告曲)
Asak 2009 三星zipel冰箱广告曲
Dash Girl 2009 《拜托小姐》OST
Romance(罗曼史) 2009 Feat.尹尚贤(《拜托小姐》OST)
Tik Tok 2010 Feat. 2PM组合
Outro 2010 收录歌手DO U专辑《know me》
我的黑色小礼服 2011 Feat.朴寒星、刘仁娜、车艺莲(《我的黑色小礼服》OST
Love is Blind 2011 《我的黑色小礼服》OST
1999 第10届首尔歌谣大奖最佳歌手奖 （获奖）
2013 日本韩流十周年大赏女演员部门第一名 （获奖）
2012-12-31 KBS演技大奖人气奖 《想你》 （获奖）
2012-12-31 KBS演技大奖韩流STAR赏 《想你》 （获奖）
2012 美国"The 2012 DramaFever Award"最佳女演员大奖 《想你》 （获奖）
2009-12-31 KBS演技大奖人气奖 尹尚贤、尹恩惠、金素妍《拜托小姐》 （获奖）
2009-12-31 KBS演技大奖最佳荧幕情侣 尹尚贤、尹恩惠《拜托小姐》 （获奖）
2008-04-24 第44届百想艺术大赏电视最佳女演员 《咖啡王子一号店》 （获奖）
2007-12-30 MBC演技大赏最佳女演员 《咖啡王子一号店》 （获奖）
2006-12-31 KBS演技大赏新人演技赏（女）《葡萄园的那男子》 （获奖）
2006-12-31 KBS演技大赏最佳银幕情侣赏 《葡萄园的那男子》 （获奖）
2006-12-30 MBC演技大赏新人赏女演员 《宫》 （获奖）
2009 韩国国际珠宝展最佳珠宝小姐 （获奖）
尹恩惠每部戏的角色都带给人新的惊喜，从率真的皇太妃，到坚强的假小子；从可爱少女，到时尚熟女。她完美地诠释了这几个截然不同的角色，表现出不凡的演技（人民网评）。被誉为“女神”的她在《未来的选择》里带动了一股蛋卷头的时尚潮流；在《想你》的演绎被认为“难以相信是首次挑战正统剧”（银河演员表网评）。
“离别之后，将会遗留下很多不同的行为以及物品，该片通过“织”这一行为，完美展现出离别后并不只有悲伤，还会有美好的回忆之情”（釜山国际电影节对影片《织》（The Knitting）评价）。作为潮流风向标的她，可谓是实实在在的时尚界宠儿，跟出道时的邻家小妹形象大相径庭，即使尹恩惠当年有“少女壮士”之称（金羊网评）。
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