吉林靖宇国家级自然保护区总面积15038公顷，其中核心区面积5884公顷，缓冲区面积5269公顷，实验区面积3885公顷。保护区位于吉林省白山市靖宇县境内，范围在东经126°34′58″—126°48′38″，北纬42°10′49″—42°22′02″之间。

保护区由南、北两个区域组成：

南部区域边界从小龙岗山起，向西南经王同大山、下山头山，转向东南经孙炮山、779米山峰至764米山峰脚下，转向北经李六山、 701米山脉至暖和头山，转向西至小龙岗山。

北部区域边界从靖宇县新建村与靖白公路交汇处起，向北经爬犁房子，转向西至吊水湖河口，沿青龙河向西经大门框、靖宇林场、徐家店村至四海龙湾，转向东南至秃头山，沿山脊经骆驼腰子山、小龙岗、串山、杨家菜园子山、绵羊山、王炮山至双马架山，转向西北至新建村与靖白公路交汇处。