球队前身

（2000-2005）

2000年5月16日，著名足球教练徐根宝在崇明岛创办上海根宝足球基地，旨在为国家培养足球人才，并打造一支“中国的曼联”征战中国足球顶级联赛。根宝基地招收的第一批球员是从2000多个报名者中精挑细选出的96个孩子，最大的12岁、最小的9岁。当年徐根宝应上海某啤酒品牌之邀做了个电视广告，在屏幕里他喊出:“我要缔造中国的曼联”，这句话在电视上、报纸上，从此家喻户晓。基地成立伊始，所有球员按年龄被分组成5支球队，为鼓励士气分别取名“国少队”、“国青队”、“国奥队”、“国家二队”、“国家队”，后又改编成“巴西队”、“法国队”、“西班牙队”、“英格兰二队”、“英格兰队”，杨礼敏、徐祖宝、王仲春、章冠兴、王钢等教练协助根宝训练带教这批球员。基地从2000年6月1日开始建造，7月7日入驻首批球员，并于翌年10月1日全部竣工。在组建基地之初，徐根宝提出“十年磨一剑，不敢试锋芒，再磨十年剑，泰山不可挡”的口号，被外界普遍赞颂为“十年磨一剑”的精神；国家体委主任伍绍祖亲笔题词：“足球明星的摇篮，走向世界的希望。”

2001年暑期举行的“上海百事明星全能挑战赛”，根宝基地的两支队伍分别获得小学组和初中组冠军，是年13岁的球员毛嘉康还获得去英超球队阿森纳参观、训练的荣誉。

2002年，徐根宝从上海申花队“下课”后潜心在根宝足球基地培养青少年球员。该年基地球队大比分击败了来访的日本大阪府联队和澳大利亚科化队等外国少年队。是年14岁的朱峥嵘入选国少队，成为“崇明一期生”中首位入选国字号队伍的球员。

2003年1月4日至6日，由根宝基地90年以后出生队员为主体组成的上海少年队出访日本，在“第九届丰国杯九州少年足球邀请赛”以六战全胜力克日韩球队，获得冠军。该年基地由于经费紧张作了第一次裁员，五队并成三队，球员由93人调整至66人，这次调整的球员除了张萌祺和汪佳捷，其他人再也没有回来。同年年底，根宝基地的两支队伍包揽了上海市U-15足球锦标赛的冠、亚军。

2004年1月31日，基地球队在代表中国国少队参加“2004亚足联U-14少年足球锦标赛（东亚赛区）”中夺得冠军，年仅12岁的主力队员武磊以进球数最多当选为最佳运动员。2004年5月13日，法属留尼汪岛的青少年足球教练、前法国国脚克劳德·鲁伊兹出任上海根宝基地队主教练。该年根宝基地89年龄段的队伍参加全国“耐克杯”青少年足球联赛，进入八强，在决赛阶段摘获大赛设立惟一的“最佳技术”和“最有价值队员”奖项，当时有8名队员入选U-17国少队大名单，入选最佳阵容的蔡慧康还代表上海少年足球队去葡萄牙交流并现场观摩欧锦赛。同年8月，中国足协为组建U-16国少队而举办90年龄段优秀运动员选拔集训，基地球员表现出色，在32人国少队大名单中入选13名之多，遥居各队之首。

2004年年底，国际奥委会副主席何振梁带了一批省市一级的体委领导来基地参观，看了之后他们对陪同参观的徐根宝说了十个字：“你一定成功，你已经成功。”何振梁本人在反复权衡之后，选择把一条曼联围巾送给根宝作为礼物，寓意深刻。

2003年至2005年，基地球队连续三年获得华东区调赛冠军。

球队初创

（2005-2007）

2005年，根宝足球基地培养的第一批青年球员已经接近专业水平，有10人被选入U-17国少队。基地从最初的近百名球员起步，经过竞争、淘汰和分流，该年尚拥有约三十名“崇明一期生”菁英，平均年龄16岁。为了通过参加职业联赛来“磨剑”，同时承担起唤回球迷、重振球市的责任，在上海市政府有关部门和领导的关心下，徐根宝毅然决定筹建职业足球俱乐部，并致力于打造“中国的曼联”。当年12月16日，上海东亚（集团）有限公司和上海根宝足球基地有限公司共同出资，在上海市工商局注册成立了上海东亚足球俱乐部，徐根宝本人拥有俱乐部的绝对控股权。

2005年12月25日，上海东亚足球俱乐部正式揭牌成立，徐根宝担任公司董事长和俱乐部主席，法国人克劳德·鲁伊兹担任球队主教练，上海市人大常委会主任龚学平、上海市副市长杨晓渡、原中国足球协会主席年维泗、中国足坛元老方纫秋、上海市体育局局长于晨、上海市崇明县县长孙雷、上海申花SVA文广足球俱乐部总经理吴冀南、上海东亚（集团）有限公司总经理李鸣等出席了在上海体育馆贵宾厅举行的隆重揭牌仪式。球队以上海根宝足球基地作为训练基地。队员是由原上海根宝足球基地的青少年球员组成，以1989、1990、1991年龄段为主。东亚足球俱乐部的成立，标志着十年磨一剑的“中国曼联”计划正式成型。

2006年，上海东亚队首次参加职业联赛，在当年的中国足球乙级联赛取得南区第七名。

2007年，徐根宝出任东亚队总教练，蒋炳尧、刘军、章冠兴组成了执行教练组协助工作。该年上海东亚被分到中乙联赛北区，以9胜3平2负的成绩取得北区冠军，并在决赛阶段先后战胜安徽九华山与四川队，最终夺得中乙联赛冠军，成功升入中国足球甲级联赛。从俱乐部组建到冲甲成功，徐根宝只用了两年。此外，俱乐部于2007年6月5日获得第十一届全运会上海男子足球队的组队权，由徐根宝出任上海队总教练。

2007年12月4日，上海东亚队中乙夺冠暨冲甲成功庆功会在上海富豪东亚酒店举行，上海市人大常委会主任龚学平、副市长杨定华出席庆功会并讲话。庆功会上，上海市体育局局长于晨宣读了上海市足球协会对东亚俱乐部的表彰决定。上海市足协和东亚集团各给予球队30万元的嘉奖。

中甲时期

（2008-2012）

2008年，上海东亚队将主场设在可容纳3万人的上海第二个专业足球场金山足球场，并由蒋炳尧出任球队主教练。年初的超日杯中国足球冠军赛，上赛季中乙冠军上海东亚在主场6-4战胜中超新科冠军长春亚泰，夺得冠军。该年首次参加中甲联赛的东亚队最终取得第六名。

2009年，东亚的主场搬到了上海地区观众容量最大的八万人体育场。由于要为年中的全运会做准备，该年球队仍未引进内外援，继续以全华班出战中甲。2009年8月1日，以东亚队为班底的上海队在第十一届全运会男足甲组决赛中3-0战胜广东队，夺得冠军。当年中甲联赛，东亚队在一度占据冲超领先地位的情况下未能成功升级，最终排名第四。

2010年联赛开始前，东亚提出了“冲超”的目标，首次引进三名外援，并由范志毅接任球队主教练。2010赛季，球队最终取得联赛第四名，未能冲进中超。同年11月，上海东亚首次代表上海参加沪港球会杯足球赛，两回合总比分5-3击败香港公民（首回合主场4-1，次回合客场1-2），获得冠军。赛季结束后范志毅向俱乐部提出辞呈，徐根宝重新任命蒋炳尧担任球队主教练，并出售3名主力球员以筹措资金，其中队长王佳玉和姜至鹏转会至南昌衡源，副队长、队中首位国脚张琳芃转会至广州恒大。此外，俱乐部于2010年3月11日获得第十二届全运会上海男子足球队（甲组）的组队权，由徐根宝出任上海队总教练；同年12月，在上海市体育局的协调下，上海东亚和上海中邦进行战略合作：中邦的优秀球员优先转会至东亚，由中邦承担十二运男足甲组球队的备战任务，聘请成耀东担任球队主教练，上海全运队（东亚梯队）以浦东中邦队的名义征战新赛季的中乙联赛。

2011年联赛开始前，中场主力曹赟定转会至同城的中超球队上海申花，而门将顾超转会至杭州绿城。2011赛季，失去五多名主力的东亚队在联赛中表现不佳，最终只获得第九名。该赛季武磊以12个进球成为中甲本土射手王。同年11月的沪港球会杯足球赛，上海东亚两回合总比分10-3击败香港和富大埔（首回合客场3-2，次回合主场7-1），蝉联冠军。

2011年12月31日，上海东亚以三年3000万元的价格将冠名权出售给中邦集团，球队以中邦集团旗下的特莱士红酒命名，队名更改为上海特莱士队，而“上海东亚”作为俱乐部名称仍然予以保留。2012赛季，联赛十五轮后，东亚以领先第二名湖南湘涛7分的优势获得半程冠军；此时陷入保级泥潭的同城中超球队上海申花希望向东亚租借主力后卫柏佳骏，虽然起初遭到了东亚俱乐部以及球员本人的反对，但在申花投资人朱骏的请求和上海市体育局的劝说下，徐根宝终于同意将柏佳骏免费租借到申花直至2012赛季末，其工资仍由东亚支付；之后球队联赛成绩有所下滑，不过仍然保住了头名位置。2012年9月29日，上海东亚客场3-0战胜哈尔滨毅腾后，提前三轮冲超成功，这时距离球队成立不到七年时间。10月20日，球队在主场1-0战胜北京理工，提前一轮夺得中甲冠军；赛后赞助商中邦集团特别举行冲超和夺冠庆功宴，并向球队颁发了100万元奖金。该赛季武磊以17个进球卫冕中甲本土最佳射手。同年11月的沪港球会杯足球赛，上海东亚两回合总比分7-2击败香港杰志（首回合客场4-0，次回合主场3-2），获得三连冠。

2012年11月12日，上海东亚足球俱乐部举行中甲夺冠暨冲超成功庆典，上海市副市长赵雯出席并向球队颁发奖杯；上海市体育局局长李毓毅充分肯定了东亚俱乐部社会办体育的成功模式，并奖励球队50万元预祝在新的舞台取得更好成绩；中国足协副主席林晓华专程来沪，为东亚全体队员挂上了冠军奖牌。12月27日，俱乐部为充分整合上海足球资源，经根宝和中邦协商收回上海全运队；与此同时，中邦集团决定无条件终止和东亚的三年合作协议，让代表中邦参加中乙联赛的东亚梯队回归东亚。12月21日，奚志康进入东亚教练组，协助总教练徐根宝工作。12月28日，在相关政府部门的“协调”下，上海东亚足球俱乐部得到了上港集团的冠名赞助；同时球队正式提出了“631”计划，即“在中超第一年力争前六，第二年跻身前三，第三年夺冠。”

（2013-2016）

2013赛季，上海东亚足球俱乐部以上海上港队的名义，征战中国足球超级联赛和中国足协杯赛等全年各类赛事。年初，球队应香港足球总会邀请赴港参加亚洲超级球会挑战杯，在决赛中0-1惜败韩国釜山偶像队，屈居亚军。2013年2月27日，球队举行新闻发布会，宣布高洪波为上港队新赛季的主教练，同时宣布柏佳骏和战怡麟转会至上海申花（但总共650万元的转会费却被拖欠）。赛季中期，球队参加了第十二届上海国际足球邀请赛，获得亚军。9月10日，在第十二届全运会男足甲组决赛中，以东亚预备队为班底的上海队加时赛1-0战胜东道主辽宁队，成为第一支蝉联全运会男子足球比赛冠军的球队。该年中超联赛，球队最终取得第九名，未达到赛季前制定的“631”目标；武磊凭借创中超记录的单赛季三次“帽子戏法”和打进15球的优异表现，获得中超本土最佳射手奖。同年11月的沪港球会杯足球赛，上海上港两回合2-2战平香港南华（首回合主场2-1，次回合客场0-1），最终通过点球大战以总比分9-8获胜，实现四连冠。12月初，球队助理教练奚志康被任命为主教练。同年年末，徐根宝提出为了俱乐部的长远发展，希望赞助商上港集团收购俱乐部。此后，上海上港队明确了“新赛季争取中超前三，冲击亚冠名额”的目标。

2014赛季开始前，上港队用孙凯、吴毅臻、张文涛三名90后小将换回当时尚在上海申鑫的原东亚队球员王佳玉，并从IFK哥德堡引进了上赛季瑞典超级联赛MVP、瑞典国家队前锋托比亚斯·海森，主力后卫李运秋则转会至北京国安。2014赛季，联赛四轮过后，上港队取得1平3胜，首次登上积分榜首位，至第5轮起战绩趋于平稳，赛季上半程以6胜5平3负暂列第六名。赛季下半程开始，上海上港表现稳定，自联赛第17轮起一直占据积分榜第四，直至第25轮在主场以1-2不敌竞争对手广州富力，跌落到联赛第五的位置，从而失去争夺亚冠名额的主动权。赛季最后五轮联赛，除了第29轮在主场3-0战胜江苏舜天，球队接连取得平局。最终，上海上港队仅因为净胜球的劣势屈居联赛第五名，未能完成“获得亚冠名额”的目标，但联赛排名位列上海三支中超球队首位；瑞典外援海森以19球斩获中超射手榜铜靴，打进12球的武磊蝉联中超本土最佳射手。

2014年10月，上港集团以近2亿元全资收购上海东亚足球俱乐部，收购对象包括一线队、预备队和U17梯队。考虑到徐根宝教练本人的意愿，和对其一直倡导的“十年磨一剑”精神的敬意，根宝基地的U15梯队不在此次收购之列。同年11月的沪港球会杯足球赛，上海上港两回合总比分6-1击败香港杰志（首回合主场6-1，次回合客场0-0），实现五连冠。此后，上港收购了沪上知名青训单位上海幸运星足球俱乐部的U17、U15梯队，获得了第十三届全运会上海男子足球队（甲组）的组队权，并由成耀东二度出任上海队主教练。

2014年11月18日，上海上港集团足球俱乐部成立仪式暨新闻发布会在上海港国际客运中心举行，正式宣告上港集团完成了对东亚足球俱乐部的整体收购；成立仪式上，上海副市长赵雯与上港集团董事长陈戌源共同为俱乐部揭牌，标志着上港足球俱乐部正式成立；同时发布会宣布，球队新一任主教练为瑞典名帅埃里克森，领队兼中方教练为奚志康，聘请徐根宝担任俱乐部总顾问。收购完成后，上港足球俱乐部的注册登记信息沿用了前身的崇明县（现崇明区）注册地址和2005年注册日期。12月7日，上港全队正式入驻上海市体育局所属的东方绿舟体育训练基地。

2015赛季开始前，上海上港先后引进孙祥、金周荣、孔卡、于海、石柯、埃弗拉等8名内外援补强阵容，并在新赛季中超联赛动员大会上提出了“进军2016年亚冠”的目标；上海市体育局局长黄永平在上港俱乐部动员会上向球队队长王燊超授旗，而老帅徐根宝也现身动员会，并祝福上港队员能够充分发挥拼搏精神，本赛季争取将没有完成的631目标实现。2015赛季，球队在联赛前三轮取得三连胜，创队史中超最佳开局。联赛第14轮至第19轮，球队取得六连胜，平队史联赛连胜纪录。赛季中期，球队引进了加纳国家队队长吉安·阿萨莫阿，并将埃弗拉下调预备队。8月26日，在厦门举行的第一届全国青年运动会男子足球U18组决赛中，以上港U18队为班底的上海市静安区队4-1战胜南京队，夺得冠军。9月12日联赛第25轮，位居榜首的上海上港在主场对阵广州恒大淘宝的争冠关键战中0-3落败；此役过后，上港积52分落后恒大2分，退居联赛第二名。2015年10月31日，上海上港在主场2-1战胜辽宁宏运，最终以30战积65分夺得中超联赛亚军，首获亚冠参赛资格，这是上港俱乐部建队十年以来取得的职业联赛最佳战绩。该赛季武磊以14个进球第三次蝉联中超本土最佳射手。

2015年11月14日，上港集团足球俱乐部全国青少年足球培训基地项目启动仪式在上海富豪环球东亚酒店举行，首批11家合作基地正式加入上港青训体系。此前上港在已经拥有从13岁至18岁年龄段的各级梯队基础上，为了完善俱乐部青训，开始筹建300人规模的足球学校。截至2015年底，十年间，俱乐部青训体系涌现出了50余名入选各级国字号队伍的球员，为中国足球事业的发展作出了贡献。

2016年，上港俱乐部与上汽集团开展战略合作，获得赞助金额约1.5亿元。年初，上港以1850万欧元从广州恒大引进了前中超最佳射手、巴西前锋埃尔克森。2月9日，上港在主场进行的亚冠附加赛中3-0战胜蒙通联，顺利进入亚冠小组赛。3月2日，上港在主场2-1战胜水原三星，赢得队史亚冠正赛首胜。此后，上海上港在亚冠赛场面对韩日澳球队取得三连胜，积12分提前一轮锁定小组头名出线，成为2009赛季亚冠改制后首支小组赛阶段取得四连胜的中超球队。5月8日联赛第8轮，上海上港客场2-1击败石家庄永昌，武磊在比赛中打进制胜一球，这粒进球也是他为俱乐部效力的第100粒正式比赛入球。5月24日，在2016亚冠1/8决赛次回合比赛中，上海上港队在主场1-0战胜东京FC队（总比分战成2-2），凭借客场进球多晋级八强，这是上海球队时隔十年之后再次晋级1/4决赛。赛季中期，上港俱乐部以5600万欧元的中超最高身价引进了圣彼得堡泽尼特前锋、巴西国脚浩克。8月6日（德国当地时间），上港俱乐部与德甲汉堡俱乐部在德签署合作协议，双方互相成为所在国的独家合作伙伴。赛季结束，上港预备队首夺中超预备队联赛冠军；上港一队以积52分获得中超季军，并获亚冠资格；武磊以14球连续四年加冕中超本土金靴。11月4日，上港正式宣布葡萄牙名帅维拉斯·博阿斯出任球队新赛季主教练。12月23日，上港宣布签约切尔西中场球星奥斯卡，转会费为6100万欧元，成中超新标王。

2017赛季，上港将一线队及预备队的训练基地迁入世纪公园球场。5月，上海上港在亚冠1/8决赛中以总比分5-3两回合双杀江苏苏宁，连续两个赛季闯入亚冠8强。9月7日，在第十三届全运会男足甲组决赛中，以上港预备队为班底的上海队5-3击败浙江队，连续三届夺得全运会男足比赛冠军。9月12日亚冠1/4决赛次回合，上海上港客场迎战广州恒大，最终通过点球大战以两回合总比分10-9战胜对手，队史上首次跻身亚冠四强。10月18日亚冠半决赛次回合，上海上港客场0-1负于浦和红钻，两回合总比分1比2无缘当年亚冠决赛。该赛季，上港最终以58分的成绩排名联赛第二名，72个进球在所有球队中排名第一，也创造了球队征战中超联赛以来的进球纪录；颜骏凌当选中超最佳门将，武磊以20球连续5年获中超本土最佳射手。11月26日的中国足协杯决赛第二回合，虽然上港在主场3-2力克上海绿地申花（总比分3-3），但是由于申花客场进球的优势，上港无缘足协杯冠军。12月12日，上港正式宣布葡萄牙人维托尔·佩雷拉出任球队的新主帅。

2018年1月，上港U19梯队首次在中国足协U19贺岁杯上夺冠。3月3日，上海上港在中超首轮主场8-0大胜大连一方，创队史最大比分胜利纪录，改写中超最大分差纪录，追平了中国顶级职业联赛的分差记录（8个球），也是中国顶级职业联赛史上首轮比赛中出现的最大比分胜利和最多进球数比赛。上港联赛开局6连胜，追平了大连万达昔日征战甲A的最佳开局；新赛季开局12场正赛不败，刷新了本队2015赛季开局11场不败的的历史纪录。10月25日，上港U19梯队在第二届全国青少年男子足球超级联赛中客场5:0战胜上海申鑫U19梯队，提前三轮首次收获青超联赛U19组冠军。10月28日，上海上港主场4:2战胜山东鲁能，中超六年第一次全赢15队，主场九连胜创造队史。

2018年11月7日，在中超联赛第29轮，上海上港队主场2-1战胜北京人和队，提前一轮夺得队史上和上海足球历史上第一个中超联赛冠军。当年中超颁奖典礼，武磊荣膺最佳射手奖和最佳球员奖，颜骏凌获最佳守门员奖。

2019年1月28日，上海上港足球俱乐部正式宣布球队锋线大将武磊加盟西甲西班牙人队。

2019年2月23日，中国足协超级杯在苏州奥体中心展开争夺，中超冠军上海上港最终以2:0战胜足协杯冠军北京国安，夺得队史首座超级杯冠军。7月8日，上海上港官方宣布奥地利国脚马尔科·阿瑙托维奇转会加盟。7月9日，上港官方宣布球队外援埃尔克森转会加盟广州恒大。