纪念馆由大厅、展厅、文物厅、烈士芳名碑组成。展厅按照东江纵队的发展历程分为13部分 : 一、抗日救亡，武装准备；二、组队抗敌，突围东移；三、返回敌后，恢复发展；四、挺进港九，营救精英；五、艰苦奋战，扭转局面；六、东纵成立，杀敌竞赛；七、北进东进，全面发展；八、挺进粤北，抗战胜利；九、自卫坚持，谈判北撤；十、成立广纵，转战华东；十一、边纵成立，威震南粤；十二、广纵南下，并肩战斗；十三、东纵战士，老兵新姿。

馆存陈列有658幅珍贵历史照片和历史文献、70件老战士捐赠的实物、15幅革命历史题材的油画、14幅动态作战示意图、一座包含6700多位烈士的英名碑等组成。共分为抗日救亡、武装准备、组队抗敌、突围东移等13部分。整个陈列展示了南粤儿女从抗日战争至解放战争以及社会主义建设时期奉献牺牲的英雄历程。东江纵队纪念馆已成为深圳市和广东重要的爱国主义教育场所之一。