1976年5月，参加工作。
1978年，考入南通医学院（现南通大学医学院）医学院临床医学专业，
1983年，从南通医学院毕业，获得学士学位。
1987年2月，加入中国共产党。
1988年，从南京铁道医学院（现东南大学医学院）毕业，获得硕士学位，
1995年，从上海医科大学（现复旦大学上海医学院）毕业，获得医学博士学位。
1997年，首批入选“上海市卫生系统百名跨世纪优秀学科带头人培养计划”。
1999年至2000年，以高级访问学者身份赴美国匹兹堡大学移植中心从事肝移植及肝脏外科临床研究。
2005年，入选“上海市医学领军人才培养计划”及“上海市百名领军人才培养计划”。
2013年12月，担任复旦大学附属中山医院院长、肝外科主任、复旦大学器官移植中心副主任、复旦大学上海医学院肿瘤学系副主任、上海市肝肿瘤临床医学中心副主任。
2019年2月16日，在复旦中山厦门医院成立樊嘉院士名医工作室。
2016年10月，获得何梁何利基金科学与技术进步奖。
2016年11月，获得第九届谈家桢生命科学临床医学奖。
2017年11月，当选中国科学院院士，隶属于生命科学和医学学部。
复旦大学附属中山医院院长
复旦大学附属中山医院肿瘤防治中心主任
复旦大学肝癌研究所常务副所长
复旦大学器官移植中心主任
上海市肝肿瘤临床医学中心主任
上海市肝病研究所所长
中国医师协会外科医师分会肝脏外科医师委员会主任委员
中国抗癌协会肝癌专业委员会前任主任委员
中国临床肿瘤学会肝癌专家委员会副主任委员
第三届中国抗癌协会医院管理分会副主任委员
上海市医学会外科专科分会主任委员
上海市医学会肿瘤分会副主任委员
上海市抗癌协会副理事
上海市医学会器官移植分会委员
中华医学会肿瘤分会常委
中华医学会肿瘤学分会主任委员
中华医学会常务理事
中华外科学会肝脏学组委员
中国抗癌协会肝癌专业委员会副主任委员
中国抗癌协会常务理事
上海市抗癌协会副理事长
上海市医学会肿瘤分会副主任委员
上海市医学会器官移植分会委员
美国临床肿瘤学会（ASCO）会员
美国临床外科学会（SSO）会员及国际肝胆胰协会委员
《中华外科杂志》、《中华肝胆外科杂志》、《中华实验外科杂志》《中华消化外科杂志》、《中国实用外科杂志》、《肝胆胰外科杂志》、《腹部外科杂志》、《外科理论与实践杂志》、《肝胆外科杂志》、《消化外科杂志》、《中国临床医学杂志》等15本杂志副主编、编委
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