创立于1986年，集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构，设有内科、外科、急诊科、保健科、传染科等多个科室，较早通过互联网医院资质准入现场评审的儿童专科医院

首都儿科研究所是一所集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构。常年承担着国家、卫计委、国际合作组织和北京市一系列重大项目和课题的研究，其中有国家973、863项目，国家科技支撑计划，国家自然科学基金和北京市自然科学基金项目，北京市科委重大项目等。

研究所是国务院学位委员会批准的儿科硕士、儿科博士学位授权单位，现有硕、博士生导师40余名。目前，已培养博士、硕士300余人，有10名青年科技骨干入选北京市科技新星。科研、临床人员每年在各种核心期刊、学术会议、专业刊物发表论文百余篇，其中SCI文章 40余篇。现有百余名留学归国人员。

院内设有内科、外科、急诊科、保健科、传染科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、麻醉科、检验科、放射科、药剂科等20多个临床医技科室。

首都儿科研究所附属儿童医院是三级甲等医院。2021年4月26日，首都儿科研究所附属儿童医院顺利通过互联网医院资质准入现场评审，成为北京市较早通过该评审的儿童专科医院。