小恩达遗址是藏东地区继卡若遗址之后科学发掘的第二处新石器时代遗址。 1986年西藏自治区文管会普查队首次对遗址进行了调查、试掘。试掘面积60平方米。遗存分为早晚两期，根据出土物的特征及碳十四测定和树轮校正，年代距今约3000-4000年。发现房屋遗址3座、灰坑1处、窑穴5处，出土了大量打制石器、磨制石器、细石器和陶片等。早期房屋以草拌泥墙建筑为代表，并在2Ⅹ10米的探沟中清理出一处近4000年的古墓葬。

小恩达遗址的年代从打制石器、细石器、磨制石器三者并存，而且以打制石器为主的情况来看，处于新石器时代。

小恩达遗址所反映的文化内涵，属于卡若文化的范畴，但又比卡若文化有明显的进步。从遗址中出头的石器、兽骨等物来看，小恩达遗址已进入了以农业为主的定居生活阶段。从文化面貌来看，小恩达遗址还与西藏林芝、墨脱、拉萨北郊曲贡村几处遗址原始文化，与黄河中上游地区的原始文化，有着一定的联系。

小恩达遗址位于西藏自治区昌都市北5公里处的昂曲河东岸，东距小恩达乡800米。遗址分布在小恩达小学一带的第一、二级台地上，海拔3263米。面积约10万平方米，属于新石器时代晚期遗址。遗存分为早晚两期，有房屋遗址、灰坑、窑穴及一处古墓葬。出土了大量石器、陶片、兽骨等。

该遗址的发现对于探讨藏民族的起源，西藏地区早期和黄河流域等地的文化联系，以及建立和完善卡若文化的类型和序列提供了十分珍贵的材料。小恩达石棺墓葬所代表的考古文化在西藏尚属首次发现。发现虽少，不能代表其文化全貌，但仅此一点发现亦为研究小恩达石棺墓葬所代表的古代文化与西北齐家文化的关系提供了重要线索，同时也为西藏以及四川西部、云南西北部、青海等发现石棺葬文化起源提供了线索。

1996年被自治区人民政府公布为第三批自治区级文物保护单位。2013年5月被国务院核定为第七批全国重点文物保护单位。