1961年-1976年,担任江苏省高邮市人民医院医师。
1977年-1978年,担任江苏省高邮市中医院医师。
1978年-1980年,就读于中国中医研究院(现中国中医科学院)中医学专业,毕业并获得硕士学位。
1980年-1985年,担任中国中医科学院研究生部教研室主任。
1984年7月,加入中国共产党。
1985年-1990年,担任中国中医科学院研究生部副主任。
1989年-1990年,担任比利时欧洲中医大学副研究员。
1991年-1994年,担任中国中医科学院研究生部副主任。
1994年-2001年,担任中国中医药报社副总编,中国中医科学院西苑医院专家门诊。
2001年-2010年,担任北京中医药大学中医学院(原基础医学院)中医体质与生殖医学研究中心主任。
2017年12月,北京中医药大学国家中医体质与治未病研究院成立,担任首任院长。
2019年11月,当选为中国工程院院士。
2020年,被聘为中国医学科学院学术咨询委员会学部委员。
2025年2月9日,创办的国医大师传承工作室在大连市妇女儿童医疗中心(集团)正式揭牌。
根据2022年2月中国工程院网站显示,王琦从事中医体质研究41年,发现中国人九种体质类型及体质和疾病相关性。创立中医体质学新学科,制定中国首部体质分类行业标准,创建体质辨识法,为中医科学创新成果进入国家公共卫生体系的历史性突破。开创中医男科学,首创调整体质治疗男性不育、男性勃起功能障碍等疾病,研发国家三类新药2项。
根据2022年2月中国工程院网站显示,王琦先后以第一或通信作者发表中英文论文430余篇。
根据2022年2月中国工程院网站显示,王琦先后主持国家级课题15项,并担任“973”项目首席科学家。
根据2022年2月中国工程院网站显示,王琦先后以第一完成人获得国家科技进步奖二等奖1项,省部级一等奖9项;国家发明专利18项,研发国家新药2项。
王琦中医药理论造诣深厚,学术成就卓越,在中医药行业内具有重大影响力,为中国中医药事业发展作出了突出贡献。(时任珠海市人民政府副市长阎武评)
王琦是中医体质学创始人,男科学创始人、学科带头人,是国家级重点学科中医基础理论学科带头人。(南方医科大学中医药学院评)
1997年,第二批全国名老中医药专家。
2013年,全国优秀科技工作者。
2013年,首都劳动奖章。
2013年,全国五一劳动奖章。
2013年,何梁何利基金科学与技术进步奖。
2014年,中华中医药学会终身成就奖。
2014年,香港浸会大学荣誉教授。
2014年,澳门科技大学荣誉教授。
2014年,第二届国医大师。
2018年,中国(澳门)中华中医药杰出贡献终身成就奖。
2019年,全国中医药杰出贡献奖。
2019年,庆祝中华人民共和国成立70周年纪念章。
2019年,中国工程院院士。
2020年,北京高校优秀共产党员。
2020年,北京市抗击新冠肺炎疫情先进个人。
2020年,中华中医药学会中医药年度科普特别人物。
2020年,中国医学科学院学术咨询委员会学部委员。
2021年,首都精神文明建设奖。
2021年,第八届树兰医学奖。
王琦中医药理论造诣深厚,学术成就卓越,在中医药行业内具有重大影响力,为中国中医药事业发展作出了突出贡献。(时任珠海市人民政府副市长阎武评)
王琦是中医体质学创始人,男科学创始人、学科带头人,是国家级重点学科中医基础理论学科带头人。(南方医科大学中医药学院评)