1965年9月-1968年6月，就读于北京医科大学，毕业后获得生物化学专业硕士学位。
1978年9月-1982年6月，就读于日本北海道大学，毕业后获得医学专业博士学位。
1982年-1990年，任哈尔滨医科大学教授、副校长。
1990年-1992年，任中国驻日本大使馆教育参赞。
1992年-2002年，历任中国医学科学院院长，中国协和医科大学校长。
1994年，当选为中国工程院院士。
1999年，当选为美国国家医学院外籍院士。
2003年-2009年，任浙江大学医学院院长。
2009年，任浙江大学医学院名誉院长。
2019年，当选为中国医学科学院学术咨询委员会学部委员。
《当代免疫学技术与应用》《当代医学新理论与新技术丛书》等
《就任纪念特别学术讲演》《面向21世纪的中国高等医学教育》《医学科技的发展趋势和我们的发展战略》《改革医学学位类型 加速高层次人才培养》《我国医学教育的机遇与挑战——对当前医学教育的反思与建议》《借鉴美国医学教育 培养卓越医学人才》《健康是国民第一素质》等
《肿瘤免疫的重点课题和主要趋向》《缓慢释放载体PLF-127的研究——对特定的生物学反应调节剂（BRM）抗肿瘤作用的增强》《治疗癌症的一个新途径——LAK疗法》《在人的不同转移性肺腺癌细胞中癌基因在DNA和mRNA水平上的比较研究》《淋巴/细胞因子研究与临床应用》《人CD3AK细胞杀伤人肺腺癌细胞的形态学观察》等
20世纪80年代初，巴德年在世界上首次发现抗胸腺自家抗体，从而为高血压大鼠的免疫功能低下找到了原因。在国际上首次提出免疫功能异常与高血压发生的关系；在中国国内率先开展了LAK细胞的研究，并将LAK疗法用于临床并在防止癌转移方面取得效果。
在央视“朝闻天下”栏目报道北京协和医学院“4+4”教育模式创新培养优秀医学人才的实践的活动中，巴德年主张：“教育是在为明天、后天培养人才，必须往远处看。要给学生更多思考空间，培养他们自我学习的能力，从而激发创造性。要让最好的学生选择学医，将来让最好的医学生成为最好的医生。所谓大医学教育，就是培养既懂公共卫生知识，又有扎实临床基础知识，在工作中懂预防、会看病、能和患者良好沟通交流的好医生。正确理解医学的本质和医学的目的，对医学教育至关重要。科学求‘真’，人文讲‘善’，艺术要‘美’。而医学是自然科学与人文科学的统一，是科学与艺术的完美结合。
随着医学科学的发展，考虑到应与世界护理教育接轨，巴德年提出成立护理学院的设想。1993年11月11日，经院校长办公会议研究，同意成立中国协和医科大学护理学院。1994年初，经向卫生部报告，拟将中国协和医科大学护理系和中国医学科学院卫生学校合并改为中国协和医科大学护理学院。1995年9月11日，卫生部批复同意将中国协和医科大学“临床部、基础部、护理系”分别改为“临床学院、基础医学院、护理学院”。1996年1月24日，中国协和医科大学护理系和中国医学科学院卫生学校合并成立中国协和医科大学护理学院。2007年5月18日，中国协和医科大学护理学院启用“北京协和医学院护理学院”名称。
1997年，获北美华人生命科学成就奖。
1998年，获美国中华医学基金会医学（CMB）杰出贡献奖。
2008年，被卫生部列为“健康中国2020”战略规划首席专家。
2004年，被评为浙江大学“三育人标兵”。
2005年，浙江大学创办以医学院院长巴德年名字命名的“巴德年医学班”。
2006年，巴德年获中国工程院光华科技工程奖。
2007年，获香港中国杰出学人奖。
“巴德年是中国国微生物疗法的带头人之一。”（《都市快报》评）
“巴德年是中国免疫学领域的泰斗，学界大师，癌生物疗法的学术带头人之一。”（网易网评）
“巴德年心系国家发展，多次为中国医药卫生事业发展建言献策；在中国工程院战略咨询、学术引领等方面发挥了重要作用；他热爱祖国、胸怀人民、严谨治学、开拓创新、敬业奉献、为人师表，为促进中国高层次医学人才培养体系的形成做出了重要的贡献，是中国工程科技界的楷模和学习的榜样。”（矿山安全技术专家李晓红院士评）
中国十大生命科学领军人物 NO.4
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