1985年，从安徽师范大学毕业后考取广西农学院分子遗传学研究室硕士研究生。
1988年，从广西农学院（现与广西大学合并）硕士毕业。
1989年，赴英国英国约翰·英纳斯中心攻读博士学位。
1992年，获得英国英国约翰·英纳斯中心博士学位后，在英国剑桥大学植物科学系从事博士后研究工作。
1998年，回国后担任中国科学院国家基因研究中心研究员、课题组长。
2001年，担任中国科学院国家基因研究中心主任。
2002年 - 2012年，担任中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所副所长。
2014年，担任中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所所长。
2006年，被列入“上海市领军人才培养计划”。
2008年 - 2012年，担任中国科学院北京基因组研究所副所长。
2012年，担任中国科学院上海生命科学研究院副院长。
2013年，增选为中国科学院院士。
2014年，当选为发展中国家科学院院士。
2017年，获得全国创新争先奖。
2003年12月28日，项目《水稻基因组第四号染色体测序及分析》荣获“上海市科学技术进步奖一等奖”。
2007年12月，项目《水稻第四号染色体测序及功能分析》荣获“国家自然科学奖二等奖”。
2017年，项目《水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计》荣获“国家自然科学一等奖”。
