1963年，毕业于北京大学地球物理系。
20世纪80年代末，领衔并提出“空间太阳望远镜计划”，计划拟将1米口径的光学望远镜发射到太空，用于观测太阳大气和磁场的精细结构。
1993年，当选为中国科学院院士。
1994年 - 1997年，担任国际天文学联合会第十委员会副主席。
1997年 - 2000年，担任国际天文学联合会第十委员会主席。
1999年05月19日，被任命为国家天文观测中心主任。
2001年06月07日 - 2007年07月，担任国家天文台台长。
2002年，当选为第三世界科学院院士。
2003年以来，主持研发中国区域导航定位系统（CAPS）。
独立发明并主持研制太阳磁场望远镜，荣获“1987年度中国科学院科技进步一等奖”、“1988年度国家科技进步一等奖”。
主持太阳磁场和速度场研究，其研究成果在1994年荣获“中国科学院自然科学一等奖”。
主持研制多通道太阳望远镜，荣获“中国科学院科技进步一等奖”、“1996年度国家科技进步二等奖”、“何梁何利科技进步奖”。
2017年10月05日，国际小行星中心将第39860号小行星永久命名为“艾国祥星”。
国家高技术航天领域专家委员会顾问
国家科技部973总顾问组成员
中国科协常委
中国科学院国家天文台学位评定委员会委员
中国科学院国家天文台人才工作委员会顾问
