中国医学科学院成立于1956年，北京协和医学院成立于1917年，中国医学科学院北京协和医学院自1957年起实行院校合一的管理体制，是我国最高医学研究机构和最高医学教育机构。院校始终牢记初心使命，以引领我国医学科技教育发展和维护人民健康为己任，教育人才辈出，科研硕果累累，医疗领衔行业，为我国现代科学医学体系的建立和发展做出了重要贡献。

建立之初，北京协和医学院开创了我国八年制医学教育、高等护理教育、住院医师培训制度和现代公共卫生教育，取得了“北京猿人研究”“单体麻黄素提取”“黑热病研究”等一系列重要成果；中国医学科学院在脊髓灰质炎疫苗研发、全国控制和基本消灭麻风病、根治绒毛膜上皮癌化学疗法的创建与推广、我国抗生素自主研发和工业化生产等方面做出了创造性贡献。

作为集医教研产为一体的国家级综合性医学科学研究机构，北京协和医学院拥有多个国家“双一流”建设学科、一级学科博士学位授权点，在教育部第四轮学科评估中有多个A类学科；还拥有多个国家级重点实验室、国家临床医学研究中心、其他国家级科研基地等。院校直属医院有北京协和医院、阜外医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院等，集医院、研究所和教学机构于一体，形成了国内外闻名的医疗、教学和科研紧密结合的医疗服务体系。

1917年9月，由美国洛克菲勒基金会帮助建立北京协和医学院，开办医预科，附属医院为北京协和医院。

1919年10月，开办医学本科，学制为八年制。

1920年，开办护士学校。

1929年，学校被国民政府教育部改名为私立北平协和医学院。

1930年，协和医学院获中华民国教育部认可立案。

1942年初，协和医学院被日军占领而被迫关闭。

1945年，中华医学基金会与协和医学院校董事会派代表从日军手中收回全部校产，重建协和医学院，并于1947年10月第一次复校。

1949年9月，复称北京协和医学院，由中央人民政府接管。

1950年，学校停止招生。

1951年，学校更名中国协和医学院。

1957年，学校并入中国医学科学院。

文化大革命期间，学校停办。

1979年8月，学校复校，改为中国首都医科大学。

1981年，学校成为全国博士学位和硕士学位授予权单位。

1985年，学校改为中国协和医科大学。

2012年9月，学校入选国家级大学生创新创业训练计划；11月，入选教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”项目试点高校。

2013年5月，学校入选国家第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。

2017年9月，北京协和医学院入选国家“双一流”世界一流学科建设高校。

2018年11月，北京协和医学院等9所“双一流”建设高校联合组建了医学“双一流”建设联盟。

2019年12月，北京协和医学院等6所医学院校牵头成立北京卓越医学人才培养高校联盟。

2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医学院校科技量值报告》，北京协和医学院综合排名位列前10位。

2021年12月26日，北京协和医学院马克思主义学院揭牌成立。

2024年6月12日，北京协和医学院脑和类脑学院揭牌成立。 12月，北京协和医学院医学人文发展研究院正式揭牌成立。

以上信息源自官网，数据截止至2025年6月，请以官网为准！