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| 序号 | 国家医学中心类型 | 主体医院 | 所属高校 |
| 1 | 国家心血管病中心 | 中国医学科学院阜外心血管病医院 | 北京协和医学院 |
| 2 | 国家癌症中心 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 北京协和医学院 |
| 3 | 国家老年医学中心 | 北京医院 | / |
| 4 | 国家儿童医学中心 | 首都医科大学附属北京儿童医院 | 首都医科大学 |
| 5 | 国家儿童医学中心 | 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 | 上海交通大学 |
| 6 | 国家儿童医学中心 | 复旦大学附属儿科医院 | 复旦大学 |
| 7 | 国家创伤医学中心 | 北京大学人民医院 | 北京大学 |
| 8 | 国家重大公共卫生事件医学中心 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 | 华中科技大学 |
| 9 | 国家呼吸医学中心 | 中日友好医院 | / |
| 10 | 国家呼吸医学中心 | 广州医科大学附属第一医院 | 广州医科大学 |
| 11 | 国家口腔医学中心 | 北京大学口腔医院 | 北京大学 |
| 12 | 国家口腔医学中心 | 四川大学华西口腔医院 | 四川大学 |
| 13 | 国家口腔医学中心 | 上海交通大学医学院附属第九人民医院 | 上海交通大学 |
| 14 | 国家神经疾病医学中心 | 复旦大学附属华山医院 | 复旦大学 |
| 15 | 国家神经疾病医学中心 | 首都医科大学宣武医院 | 首都医科大学 |
| 16 | 国家神经疾病医学中心 | 首都医科大学附属北京天坛医院 | 首都医科大学 |
| 17 | 国家传染病医学中心 | 复旦大学附属华山医院 | 复旦大学 |
| 18 | 国家传染病医学中心 | 首都医科大学附属北京地坛医院 | 首都医科大学 |
| 19 | 国家传染病医学中心 | 浙江大学医学院附属第一医院 | 浙江大学 |
| 20 | 国家中西医结合医学中心 | 中日友好医院 | / |
| 21 | 国家精神疾病医学中心 | 北京大学第六医院 | 北京大学 |
| 22 | 国家精神疾病医学中心 | 首都医科大学附属北京安定医院 | 首都医科大学 |
| 23 | 国家精神疾病医学中心 | 上海市精神卫生中心 | 上海交通大学 |
| 24 | 国家精神疾病医学中心 | 中南大学湘雅二医院 | 中南大学 |
| 25 | 国家精神疾病医学中心 | 四川大学华西医院 | 四川大学 |
| 26 | 国家骨科医学中心 | 北京积水潭医院 | 首都医科大学 |
| 27 | 国家骨科医学中心 | 上海市第六人民医院 | 上海交通大学 |
| 28 | 综合类国家医学中心 | 复旦大学附属中山医院 | 复旦大学 |
| 29 | 国家中医医学中心 | 天津中医药大学第一附属医院 | 天津中医药大学 |
| 30 | 国家中医医学中心 | 河南中医药大学第一附属医院 | 河南中医药大学 |
| 31 | 国家中医医学中心 | 广东省中医院 | 广州中医药大学 |
| 32 | 国家中医医学中心(藏医) | 西藏自治区藏医院 | / |
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