鲁斋书院始建于元延祐初年(1314年),由御史赵子敬提议、长安士人王庭瑞捐宅创建,因纪念元代学者许衡(号鲁斋)而得名。书院原址位于西安府治东北,元代拥有学田不足70亩,经费支出主要用于山长薪俸和生徒补贴。清光绪年间经历多次重建:光绪三年(1877年)李蓉镜复建,光绪十一年(1885年)黄嗣东与樊增祥集资重修。晚清时期关学大儒牛兆濂、贺瑞麟曾主持讲学,光绪二十九年(1903年)改制为咸宁县立两等小学堂。
元仁宗延祐初年(1314年),朝廷为纪念许衡在京兆大兴儒学教育的贡献,诏令创建鲁斋书院。元延祐二年(1315年)御史赵子敬提议,长安士人王庭瑞捐出私宅作为院址。清嘉庆八年(1803年)并入养正书院,光绪十一年(1885年)黄嗣东于东关长乐坊重建书院。光绪七年(1881年)、十一年(1885年)黄嗣东与樊增祥两次主持重修。光绪二十九(1903年)改制为近代学堂。
书院以传播程朱理学为核心,元代被朝廷纳入官学体系。清代重建后,光绪十一年(1885年)延请关学大儒贺瑞麟主讲《西铭》,李用清讲解《大学·诚意章》,黄彭年阐释《中庸》首章,形成"三日一会讲"制度,听讲者逾百人。黄嗣东制定《学规》十条,确立"明体达用"的教学原则。
元代拥有学田68亩,来源包括官府拨置与官员捐赠。政府设直学专职管理财务,山长每月领取官俸粮3石、钞3两。经费支出中生徒膏火占比最高,主要用于膳食补贴与书籍购置。清代重建资金来源于官员捐俸(如黄嗣东、樊增祥)、盐法道拨款及地方集资。
盐法道黄嗣东于光绪十一年(1885年)主持东关长乐坊重建工程,形成讲堂、斋舍、藏书楼完备的格局。同期长安知县焦云龙在1887-1891年任内,将书院建设纳入地方文教体系,同步整修董仲舒祠并刊印典籍。重修工程耗资主要来自官员"捐廉"(捐献养廉银)与盐税盈余。
光绪二十九年(1903年)清廷推行"新政",书院改制为咸宁县立两等小学堂,保留原藏书楼作为校产。改制后保留"鲁斋"石刻匾额,部分斋舍改建为理化实验室,课程增设算术、格致等新学科。