截至2025年4月，南京医科大学建有江宁校区、五台校区和常州校区（筹）。学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学7个学科门类，临床医学、药理学与毒理学、分子生物学与遗传学学科位列ESI全球排名前1‰。学校入选教育部基础学科拔尖学生培养计划2.0基地，国家级一流本科专业建设点占全校专业总数近八成，建有一大批国家级教学平台和课程资源，获国家级教学成果奖。学校招生、培养和就业工作广受社会各界好评，毕业生执业医师资格考试通过率位居国内同类院校前列，毕业生就业率始终保持在96%以上。

学校建有生殖医学与子代健康全国重点实验室、环境与人类健康国际联合研究中心、肿瘤个体化医学省部共建协同创新中心等50多个国家级、省部级重点实验室（工程研究中心、创新中心）。拥有国内一流的医学模拟教育中心和江苏省医药动物实验基地，建有省内唯一的省级卫生政策智库—江苏省健康研究院。学校积极面向生命健康领域的国家重大需求，组建了基础科学中心、创新研究群体等重大科技创新团队；承担各类重大、重点国家科技计划项目近百项；代表性研究成果在《自然》《科学》等顶级学术期刊发表，获得了以国家自然科学二等奖为代表的一批国家级和省部级科研成果奖项。

学校坚持“开门办学”，与各级政府，国内外高等院校、科研机构、社会团体等建立了形式多样的联系与合作。学校先后与美国、俄罗斯、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本等国家和香港、澳门、台湾地区的医学院校或科研机构建立了良好的战略合作和学术交流关系。

“十四五”期间，学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，聚焦一流学科、一流附属医院和一流办学条件，凝心聚力、统筹施策、开拓创新、改革攻坚，努力建成特色鲜明的“双一流”医科大学。

南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。

1993年12月3日，国家教委正式批准南京医学院更名为“南京医科大学”。

2003年9月，南京医科大学江宁校区正式启用。

2011年1月13日，南京医科大学与江宁区人民政府合作共建南京医科大学附属明德医院，南京医科大学和江宁区人民政府将于江宁区共建一所新医院。2016年2月教育部发文，香港邵逸夫基金会已同意向南京医科大学捐资2亿港币，用于医院的建设与发展，“南京医科大学附属明德医院”正式更名为“南京医科大学附属逸夫医院”。

2012年11月9日，入选第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担“五年制临床医学人才培养模式改革试点”一项改革试点项目。

2015年9月21日，江苏省人民政府、原国家卫生计生委、教育部联合发文，决定共建南京医科大学，学校正式列入省部部共建高校。

2018年3月5日，江北新区与南京医科大学举行校地合作签约仪式,将以南京市浦口医院为基础，共建南京医科大学第四附属医院。3月23日，整合该校第一附属医院、附属南京儿童医院、南京妇幼保健院及第二附属医院的优质儿科医疗教学资源，在儿科学系基础上成立南京医科大学儿科学院。10月30日，南京医科大学生物医学工程与信息学院成立。

2020年7月8日，无锡市人民政府、南京医科大学合作的南京医科大学附属无锡人民医院揭牌，标志着无锡市人民医院正式纳入南京医科大学直属附属医院管理体系，成为南京医科大学在宁外第一家直属附属医院。8月31日，南京市疾病预防控制中心正式挂牌成为南京医科大学附属南京疾病预防控制中心。

2021年10月11日，入选江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校。11月29日，学校“基础医学拔尖学生培养基地”入选国家基础学科拔尖学生培养计划2.0基地。

2022年2月9日，入选教育部公布的第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。

2023年8月18日，学校与常州市签约共建南京医科大学常州校区。

2024年7月5日，南京医科大学第三附属医院揭牌仪式在常州市第二人民医院阳湖院区举行。

2025年4月3日，南京医科大学与江宁区人民政府签署深化合作共建协议。4月7日，贵州省卫生健康委与南京医科大学签署合作共建协议。

以上信息源自官网，数据截止至2025年4月，请以官网为准！