上林寺位於广东省湛江市霞山区黎湛铁路南站的南山村，康熙乙亥年(1695年)八月南山村吴涵山居士创建，为三进四合院，头二进供奉伽蓝，後进大殿供奉三宝佛以及观音菩萨、地藏菩萨、准提菩萨。当时寺宇前後都是天然森林，故名上林寺。吴涵山居士撰联二副，其一为:上律天时时雨化成法雨蕈敷渤海，林依地古古云屯作慈云拥护南山”，其二为:“上方元鹤千年寿，林外苍松万古春”。又恭请遂溪县庆斌法师住待此寺，以後相继请本县东华山僧人管理。受真、叁如、宗和、海仁法师等相继为住持。光绪三十二年参如大师重修寺宇，将前面两座瓦面翻新，得到乡坤吴详观居士的支持，布施良田。光绪二十四年(1898年)，法军乘舰侵占广州湾，登陆在海头岭。南柳人民高举义旗，保家卫国，由吴美观、吴邦泽、吴大洪、吴大隆为领导人，招集南柳诸村抗法勇士，在寺僧的支持下，於上林寺前的空地举行了几百人的抗法歃血誓师大会，抗击侵略者。民国十八年(1929年)，宗和上人与乡绅吴有仁发起重修大雄宝殿，将原大殿升高二米，两侧厅加建木楼住人，重建客堂、祖堂，僧舍，均建木楼，寺后辟为花园。宗和法师的高徒云峰、妙峰诸法师对上林寺的复兴做出重大贡献。抗日战争期间，广东近代高僧海仁老法师从杳港避难来广州湾，驻锡上林寺两年，宣讲《金刚经》、《楞严经》等，香港大屿山佛学院刘承泽居士亦在此教文学，青年学僧有云峰、清和、初慧、觉真、云珠、明兴、云林、明心等，尼众有法显、如梅、庆智、智海等。抗战胜利後，海仁法师返香港，学僧们也随着分散到各地弘法。

在解放战争时期，宗和法师、云峰法师冒险机智地掩护游击队员脱险，当时党总支书记林挺同志特写了《赞上林寺爱国精神》一文现刻於寺内石碑上。

1949年後，僧众大多走散，只有宗和、云车、云峰法师三人留住该寺。1959年云峰调往广州六榕寺；1967年宗和、云车相继圆寂，上林寺遂众人管理。“文革”期间，毁佛像、烧经书，斩除花木，折除僧房，本寺前後五棵巨大榕树亦干枯，寺宇亦摇摇欲倒。

1985年，南柳吴氏族人集资修葺了寺内前两座瓦面。1986年，明兴法师、吴车日居士等人捐资重刻全堂佛像。吴桂龙、吴嘉龙、吴车日居士多年奔走云峰、明兴法师亦於1992年回湛江，与当地干部、乡亲商量重建大殿，将原三间殿堂合建为宽阔的大殿，後墙退出五米，使天井空间扩大，客堂、祖堂、僧房均修建二层。南山村同意给地，初步计划:第一期建大殿，第二期建客堂、僧舍，第三期建祖堂、碑廊、陈列室。广州市佛教协会和六榕寺常住共同资助人民币二十万元，郑兑珠等居士亦乐施净资，加速了工程的进行。

新建大殿1993年6月竣工，高8.6米，面积129.6平方米，钢筋水泥结构，琉璃瓦面，造价三十多万元，请来缅甸白玉释迦牟尼佛像一尊，高1.6米，慈相庄严，熠熠生辉。云峰法师撰联、沈定庵居士书写:“上接龙天，法雨慈云沾广宇;林开鹫岭，灵光佛日照南夭。”云峰法师又赋诗一首《湛江市人民抗法旧址南山上林寺大殿落成有感》:“德范长存气昂然，吴族英豪亦世傅。反帝卫乡昭赤胆，为民忘我亮青天。精诚团结怀先烈，义士牺牲启後贤。古寺重修逢盛治，神州处处谱新篇。

1993年秋，由妙峰法师弟子明圣法师负责修建工作，妙峰法师从美国寄回三万美元修建客堂。六榕寺四众弟子捐款三十万元修建祖师堂。广州、番禺、东莞一些信众赞助十多万元，清林大师请浙江天台山工匠用香木重雕三尊佛像，高1.8米。

上林寺现任住持清韵法师，33岁，广东人，1993年出家，师从明兴法师，兼任广东省湛江市佛教协会理事。