一、过滤精度
超滤机：主要采用超滤膜技术，过滤精度一般在 0.01 - 0.1 微米之间。能有效去除水中的细菌、病毒、胶体、大分子有机物等杂质，但对溶解性的盐类、重金属离子等小分子物质的去除效果有限。
净水机：通常包含多种过滤技术，不同类型的净水机过滤精度有所不同。如以反渗透膜为核心过滤部件的反渗透净水机，过滤精度可达到 0.0001 微米，能去除水中几乎所有的杂质，包括细菌、病毒、重金属离子、溶解性盐类、有机物等，可得到几乎不含杂质的纯净水。而一些采用活性炭、陶瓷滤芯等简单过滤方式的净水机，过滤精度相对较低，在去除杂质的效果上不如反渗透净水机和超滤机。
二、工作原理
超滤机：依靠超滤膜的筛分作用，在压力驱动下，使水和小分子物质透过膜，而大分子物质和颗粒被截留。同时，膜表面的化学性质也会对某些物质的分离产生一定影响。
净水机：反渗透净水机是利用反渗透膜的半透性，在高于溶液渗透压的作用下，只有水能够透过反渗透膜，而其他物质被截留。采用活性炭过滤的净水机，主要是利用活性炭的吸附作用，去除水中的异味、色素和部分有机物等。陶瓷滤芯净水机则是通过陶瓷滤芯的微孔过滤，拦截水中的大颗粒杂质。
三、出水水质
超滤机：出水保留了水中的部分矿物质和微量元素，水质较为健康，但可能仍含有一定量的溶解性盐类和重金属离子等。如果原水水质较好，超滤机出水可满足日常生活中的饮用、烹饪等需求，但对于水质要求较高的应用场景，可能还需要进一步处理。
净水机：反渗透净水机出水几乎为纯水，适合对水质要求极高的场景，如医疗、科学实验、电子工业等，也适用于一些水质较差地区，可有效去除水中的有害物质。不过，由于其去除了水中的所有矿物质，长期饮用可能对人体健康产生一定影响。采用其他过滤方式的净水机，出水水质根据其过滤技术和滤芯性能有所不同，但总体上在去除杂质和改善水质方面有一定效果。
四、使用成本
超滤机：一般不需要用电，运行成本主要是定期更换滤芯的费用。超滤膜滤芯的使用寿命通常在 2 - 3 年左右，相对来说更换成本较低。此外，超滤机的水回收率较高，一般在 80% - 90% 左右，即有 80% - 90% 的原水可以转化为可饮用的净水，废水排放较少。
净水机：反渗透净水机由于需要用电来驱动增压泵，以提供足够的压力使水通过反渗透膜，因此电费是其使用成本的一部分。而且反渗透膜的价格相对较高，使用寿命一般在 2 - 3 年，更换成本较高。同时，反渗透净水机的水回收率较低，通常在 30% - 50% 左右，会产生较多的废水，这在一定程度上也增加了使用成本。其他类型的净水机，如活性炭和陶瓷滤芯净水机，滤芯更换成本相对较低，但如果原水水质较差，滤芯更换频率可能会增加，从而增加使用成本。
