亳州职业技术学院办学层次以普通专科为主，兼有专升本、五年制大专和成人教育本、专科。截至2022年12月，全日制在校生近13000人，非全日制在校生近8000人。学校占地面积481亩，总建筑面积22.9万平方米，实验实训基地建筑面积4.2万平，学校纸质图书60余万册，纸质和电子专业期刊5000种，教学科研仪器设备资产总值达1.1亿余元。

学校设有药学院、医学院、教育与管理学院、信息工程系、智能工程系、建筑工程系、继续教育学院、基础教学部和马克思主义学院9个二级教学单位，建有国家级职业技能鉴定站、安徽省中医药科学院亳州分院、安徽省华佗中医药研究院、亳州市产品质量检验检测研究院，国家级实训基地2个，省级示范实训中心和实践教学基地16个。

学校建有8个专业群，开设中药学、中药制药、药学、中医学、护理、针灸推拿、康复治疗技术、学前教育、连锁经营管理、高速铁路客运服务、大数据与财务管理、机电一体化技术、医疗器械维护与管理、电子商务、计算机应用技术、建筑工程技术、建筑室内设计等36个专业，其中央财支持建设专业4个，省级特色专业和综合改革试点专业16个。

亳州职业技术学院于2003年6月由安徽教育学院亳州教学点（1989年）、合肥工业大学亳州教学点（1987年）和亳州工业学校（1995年）组建而成。

2016年，学院被中华全国总工会授予“全国职工教育培训示范点”。

2018年4月，安徽省亳文化研究会授予学校为安徽省亳文化研究会研究基地。

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