1953年，就读于广东实验中学。
1960年，毕业于北京医学院（现北京大学医学部）并留校任教。
1960年7月至1971年8月，担任北京医学院（现北京大学医学部）放射医学教研组助教。
1971年9月至1974年4月，担任广州医学院第一附属医院内科住院医师。
1974年4月至1978年8月，担任广州医学院第一附属医院内科主治医师。
1978年9月至1982年12月，担任广州医学院第一附属医院内科副主任医师、讲师。
1979年至1981年，赴英国爱丁堡大学医学院及伦敦大学呼吸系进修。
1983年1月至1986年12月，担任广州医学院副教授（于1985年后被指定为中央领导保健医生）。
1986年12月至1995年，担任广州医学院呼吸内科教授、硕士生导师。
1987年12月至1992年10月，担任广州医学院第一附属医院院长。
1992年5月至2002年12月，担任广州医学院院长、党委书记。
1992年2月至1997年12月，担任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所副研究员。
1995年8月，担任北京大学医学部呼吸内科教授、博士生导师。
1995年10月至1996年10月，公派到加拿大蒙特利尔市麦吉尔大学做访问学者。
1996年5月，当选为中国工程院院士。
1997年12月至1999年12月，担任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所主任医师。
1999年12月至2012年10月，担任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/副所长。
1998年6月，担任中国工程院医药卫生工程学部副主任。
2003年，“非典”爆发，以钟南山为代表的医护工作者经长期努力，抗击了非典。
2005年4月，当选中华医学会第23届会长。
2007年，获英国爱丁堡大学荣誉博士学位。
2007年10月，担任呼吸疾病国家重点实验室主任。
2009年7月，担任贵州医科大学名誉院长。
2010年，获澳门科技大学荣誉博士学位。
2012年10至2013年7月，担任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/常务副所长。
2013年7月至今，担任广州呼吸疾病研究所所长。
2020年1月，新型冠状病毒联防联控工作机制科研攻关组第一次会议，钟南山任组长。
1997年，当选为中共十五大代表。连任第八、九届全国政协委员。
2008年，当选第十一届全国人大代表。
钟南山先后受聘为世界卫生组织医学顾问、国际胸科协会特别会员、亚太分会理事。现任中华医学会顾问、广州呼吸疾病研究所所长、广州医学院院长、广州市科协主席、广东省科协副主席、香港中文大学（深圳）理事会成员等职。兼任中华医学会理事和广东、广州分会副会长、中华医学会呼吸学会副主任委员等职。
1984年，被授予中国首批国家级有突出贡献专家称号。
1990年，被评为中国全国卫生系统优秀留学回国人员。
1992年，获中国全国卫生系统模范工作者称号。
1995年，被评为中国全国先进工作者（即全国劳模）并荣获全国五一劳动奖章。
1997年1月，被中共广州市委授予“模范共产党员”的称号。
2003年，再次被评为中国全国先进工作者（即全国劳模）并荣获全国五一劳动奖章。
2003年，荣获“中国医学基金会华源医德风范奖”。
2003年6月，因在抗非战斗的卓越表现，被广东省委、省政府授予唯一一项特等功。
2003年，被广州市授予“抗非英雄”荣誉称号。
2004年，被评为“感动中国2003年度十大人物”之一。
2004年4月，被授予中国国内卫生系统的最高荣誉称号——白求恩奖章。
2009年9月，被评为“100位新中国成立以来感动中国人物”。
2010年12月，被评为中国“十佳全国优秀科技工作者”。
2016年6月，荣膺中国工程界最高奖项——第十一届光华工程科技奖成就奖。
2018年11月，入选100名改革开放杰出贡献对象。
2018年12月，党中央、国务院授予钟南山同志改革先锋称号，颁授改革先锋奖章，并获评“公共卫生事件应急体系建设的重要推动者”。
2019年9月，被评选为“最美奋斗者”。
2019年12月，入选“中国海归70年70人”榜单。
2020年2月，入选国家健康科普专家库第一批成员名单。
2020年4月，获爱丁堡大学首个杰出校友奖。
2020年5月25日，入选2020年广东省全国先进工作者推荐名单。
2020年5月30日，被广东省人民政府评为“最美科技工作者”。
2020年，入选全国教书育人楷模候选人名单。
2020年8月11日，获“共和国勋章”。
