截至2023年，福建生物工程职业技术学院设有7个教学系（院、部），设有23个高职专业，涉及生物与化工、食品药品与粮食、医药卫生、公共管理与服务等四个大类，其中教育部骨干专业3个、教育部健康服务类示范专业1个、国家级教学改革试点专业1个、省级精品专业1个、省级示范专业2个、省级特色专业群1个，省级示范生产性实训基地1个。药学专业群获批省级“双高计划”，康复治疗类专业稳居全国前列。

福建生物工程职业技术学院的前身是创办于1980年5月的福建医药学校。

1964年，省商业厅在福州汤井巷办福州商业职业学校。设中药专业、西药专业各一个班。招收初中毕业生，学制4年。

1969年，专业随学校停办。

1979年4月，福建省医药公司在福州东门外溪口仓库筹办福建商业学校中药材专业班，学制2年。

1980年5月，经省人民政府批准，在中药材专业班基础上成立福建医药学校。

1982年12月，国家拨款122万元，按在校学生400人的规模，在福州洪山乡中店村建新校舍，累计投资240多万元，于1986年6月底竣工。

1987年4月，增设药剂专业，招收初中毕业生，学制4年。

1988年8月，福建医药学校各专业全部招收初中毕业生，学制4年。

2005年5月，经福建省人民政府批准，在福建医药学校的基础上组建福建生物工程职业技术学院。

2011年1月，通过高等职业院校人才培养工作评估。

2014年6月，“海洋生物制品福建省高校应用技术工程中心”获得省教育厅批准立项。

2015年1月，福建省生物医药产业中试与检测技术公共服务平台”获得省科技厅批准立项。8月，入选教育部首批现代学徒制试点单位，由省食品药品监督管理局划归省教育厅。

2018年1月，立项建设的“海洋生物制品福建省高校应用技术工程中心”和“健康养老福建省高校应用文科研究中心”通过省教育厅核准验收。6月，获福建省院士专家工作站授牌。

2019年6月，福建生物工程职业技术学院入选教育部首批1+X证书制度试点院校。

2020年11月，获批福建省首批职业技能等级认定试点院校。

2022年5月，入选教育部“一站式”学生社区综合管理模式建设自主试点单位。8月，获批成为第二批福建省养老服务人才实训基地。

以上信息源自官网，数据截止至2023年7月，请以官网为准！