学院按照“适应需要、突出重点、发展优势、循序渐进、服务社会”的原则，围绕中医药及相关产业对人才的需求，设立药学系、医学系、护理系、健康管理系和思政与基础部等教学系部，开设有中药学、药学、中药材生产与加工、康复治疗技术、中医学、针灸推拿、医学检验技术、口腔医学技术、护理、药品经营与管理、预防医学、健康管理等共计十二个专业。

学院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，落实立德树人根本任务，以服务江西区域社会经济发展为己任，以促进劳动者就业为导向，培养合格的中医药产业高素质技术技能型人才。不断深化教育教学改革，深入开展产教融合，协同育人教育，努力把学院办成江西省中医药产业高素质技术技能型人才培养基地，樟树中医药产业应用技术推广与研发中心，地方优秀传统文化传承创新的高地。

2023年3月16日，江西省教育厅发布《关于江西省2023年高等学校设置事项的公示》，江西樟树中医药职业学院拟设置高校获得通过。

2023年4月24日，《江西省人民政府关于同意设立江西樟树中医药职业学院的批复》发布，同意设立江西樟树中医药职业学院。