1962年，毕业于北京中医学院，获得医学学士学位；同年，任职于内蒙古中医院，历任住院医师、主治医师、副主任医师。
1970年，在北京《全国中草药新医疗展会》任编辑。
1971年，开始进行COPD的防治研究，多次下乡巡回医疗。
1976年，在全国中医高级研究班学习深造。
1984年，任职于中日友好医院，历任中医处处长、中医肺脾科主任、中医大内科主任。
1993年，被国务院学位委员会授予博士研究生导师。被北京中医药大学、天津中医药学院聘为教授、博士生导师，被长春中医学院聘为教授。被国家中医药管理局、河南省中医药管理局、北京市中医管理局、浙江省中医院、广东省中医院、山东青岛中医院、河北省两所中医院聘为培养徒弟导师。
2010年，获评为“首都中医药养生首席指导专家”称号。
2013年，入选第二届“首都国医名师”。
2014年，入选第二届“国医大师”。
2020年，当选为中国中医科学院学部委员。
《明医之路道传薪火》《中医内科手册》《今日中医内科·中卷》《中医急诊医学》等
《肺痿再辨识》《再谈中药不良反应问题》《关于SARS的中医诊治初步意见》《中医温病学与传染性非典型肺炎》《中医防治慢性肺源性心脏病的治法运用概况》《咳嗽变异型哮喘证治》等
晁恩祥提出“风咳”“风哮”病名，并阐明“风邪犯肺、气道挛急”致咳、致哮的发病机理，创立了“从风论治”的治疗原则和“疏风宣肺、解痉利咽、止咳平喘”的治疗方法。“风哮”、“风咳”理论已经被中医学术界认可，丰富了中医诊疗哮病和慢性咳嗽的理论与临床，提高了中医药对这两种病证的疗效。
晁恩祥已参研课题10余项：1995年，承担及参加国家中医药管理局科研基金课题；1996年，参加国家重点科技项目（攻关）计划专题；2004年，承担“十五”国家科技攻关计划；2006年，参加“十一五”国家科技支撑计划课题；2008年，承担中医药行业科研专项项目；2009年，参加首都医学发展基金（中医药类）课题研究。
晁恩祥已为北京市及多个省市培养硕博士、博士后及高徒70余位，如中日友好医院主任医师张洪春，天津中医药大学第二附属医院呼吸科主任医师孙增涛等都是他的学生。
2009年，凭借“风哮、风咳理论及其临床应用，获得中华中医药学会科学技术一等奖。
2009年，凭借风哮、风咳理论及其临床应用，获得北京市科学技术奖三等奖。
2015年，凭借苏黄止咳胶囊，获得中国药学发展奖创新药物奖。
2019年，凭借《明医之路道传薪火》，获得“杏林杯”中华中医药学会学术著作奖一等奖。
凭借苏黄止咳胶囊，获得中华中医药学会科学技术奖一等奖。
凭借甲型H1N1流感防控及集成创新性研究，获得国家科技进步一等奖。
2006年，当选中央保健工作先进个人。
2006年，获得中医药传承特别贡献奖。
2009年，获得首都中医药防治甲流科技攻关奖。
2011年，获得北京中医药薪火传承贡献奖。
2012年，当选全国中医药应急工作先进个人。
2013年，当选第二届“首都国医名师”。
2014年，当选第二届“国医大师”。
2015年，当选最美医生。
2019年，获得全国中医药杰出贡献奖。
2020年，当选中国中医科学院学部委员。
“晁恩祥等老一辈中医药工作者，用他们的辛勤耕耘，为中医药事业的继承和发展做出了突出贡献。”（中国工程院院士桑国卫评）
“晁恩祥有着对中医药事业的热爱、高尚的医德，以及提携后学，甘当人梯的精神。”（时任中华中医药学会会长王国强评）
“晁恩祥秉承大医精诚精神，坚持‘对事业有诚心，对学术有诚信，对患者有诚意’，堪称医学界之楷模，为中日友好医院的建设发展做出了很大贡献，为医院中医、中西医结合的特色和优势奉献了心血与智慧。”（时任中日友好医院院长许树强评）
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