| 院校名称 | 主管部门 | 学校特色 |
| 复旦大学 | 教育部 | 双一流/985工程/211工程/研究生院/自划线院校 |
| 同济大学 | 教育部 | 双一流/985工程/211工程/研究生院/自划线院校 |
| 上海交通大学 | 教育部 | 双一流/985工程/211工程/研究生院/自划线院校 |
| 华东理工大学 | 教育部 | 双一流/211工程/研究生院 |
| 华东师范大学 | 教育部 | 双一流/985工程/211工程/研究生院 |
| 海军军医大学 | 解放军 | 双一流/211工程/研究生院 |
| 上海外国语大学 | 教育部 | 双一流/211工程 |
| 上海财经大学 | 教育部 | 双一流/211工程 |
| 上海大学 | 上海市 | 双一流/211工程 |
| 东华大学 | 教育部 | 双一流 |
| 上海海洋大学 | 上海市 | 双一流 |
| 上海中医药大学 | 上海市 | 双一流 |
| 上海体育大学 | 国家体育总局 | 双一流 |
| 上海音乐学院 | 上海市 | 双一流 |
| 上海科技大学 | 上海市 | 双一流 |
| 上海理工大学 | 上海市 | — |
| 上海海事大学 | 上海市 | — |
| 上海电力大学 | 上海市 | — |
| 上海应用技术大学 | 上海市 | — |
| 上海师范大学 | 上海市 | — |
| 上海对外经贸大学 | 上海市 | — |
| 上海海关学院 | 海关总署 | — |
| 华东政法大学 | 上海市 | — |
| 上海戏剧学院 | 上海市 | — |
| 上海工程技术大学 | 上海市 | — |
| 上海立信会计金融学院 | 上海市 | — |
| 上海电机学院 | 上海市 | — |
| 上海杉达学院 | 上海市 | — |
| 上海政法学院 | 上海市 | — |
| 上海第二工业大学 | 上海市 | — |
| 上海商学院 | 上海市 | — |
| 上海国家会计学院 | 财政部 | — |
| 上海材料研究所 | 上海市 | — |
| 上海发电设备成套设计研究院 | 工业与信息化部 | — |
| 上海核工程研究设计院 | 工业与信息化部 | — |
| 中国航空研究院(640所) | 工业与信息化部 | — |
| 上海航天技术研究院 | 工业与信息化部 | — |
| 上海化工研究院 | 上海市 | — |
| 上海船舶运输科学研究所 | 交通运输部 | — |
| 电信科学技术第一研究所 | 信息产业部 | — |
| 上海生物制品研究所 | 中国医药集团总公司 | — |
| 中国医药工业研究总院 | 转制科研单位 | — |
| 中国舰船研究院(中国船舶及海洋工程设计研究院) | 工业与信息化部 | — |
| 中国舰船研究院(上海船舶设备研究所) | 工业与信息化部 | — |
| 中国舰船研究院(上海船用柴油机研究所) | 工业与信息化部 | — |
| 中国舰船研究院(上海船舶电子设备研究所) | 工业与信息化部 | — |
| 上海国际问题研究院 | 上海市 | — |
| 上海社会科学院 | 上海市 | — |
| 中共上海市委党校 | 上海市 | — |
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